针对您提出的问题，即在公司上班但由另一个公司发工资，仲裁时对方不承认劳动关系在其公司的情况，以下是我的详细分析和建议：

1. 劳动关系确认的关键：

   • 劳动关系的确认并不完全依赖于工资的发放主体。根据《劳动和社会保障部关于确立劳动关系有关事项的通知》，劳动关系的确认主要依据劳动合同、工作证、考勤记录、工作安排、工资支付记录等多种因素综合判断。
   • 因此，即使工资由另一个公司发放，只要您能提供证据证明您实际是在该公司工作，接受其管理，并从事其安排的工作，就有可能确认劳动关系。

2. 证据收集与整理：

   • 劳动合同：如果您与该公司签订了劳动合同，这是最直接的证据。
   • 工作证、考勤记录：这些能证明您在该公司的身份和工作时间。
   • 工作安排、任务记录：如邮件、微信聊天记录等，能证明您接受该公司的工作安排。
   • 工资支付记录：虽然工资由另一个公司发放，但您可以尝试获取转账记录、银行流水等，并证明这些资金是用于支付您的工资。同时，如果可能，获取发放工资公司与实际工作公司之间的关联证据，如股权关系、合作协议等。
   • 同事证言：如果有同事愿意出庭作证，证明您在该公司的实际工作情况，这也是有力的证据。

3. 仲裁策略与应对：

   • 准备充分证据：在仲裁前，务必收集并整理好所有能证明劳动关系的证据。
   • 明确仲裁请求：根据您的实际情况，明确仲裁请求，如确认劳动关系、要求支付工资、经济补偿等。
   • 应对对方否认：如果对方在仲裁中否认劳动关系，您可以依据收集的证据进行反驳，并强调劳动关系的确认应综合考虑多种因素，而非仅依据工资发放主体。

4. 可能面临的法律后果与应对：

   • 如果仲裁成功：您将获得确认劳动关系的裁决，并可能根据裁决要求对方支付工资、经济补偿等。
   • 如果仲裁失败：您可以在收到裁决书后十五日内向人民法院提起诉讼，继续维护自己的合法权益。在诉讼过程中，您可以进一步补充证据，加强论证，提高胜诉的可能性。

5. 额外建议：

   • 咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在仲裁或诉讼前咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律后果。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
   • 保持冷静与理性：在处理此类纠纷时，保持冷静与理性至关重要。不要因为情绪激动而做出冲动的决定或行为，以免对自己的权益造成不必要的损害。

总结来说，即使工资由另一个公司发放，您仍有可能通过收集并整理好相关证据来确认与实际工作公司的劳动关系。在仲裁过程中，务必准备充分证据、明确仲裁请求，并应对好对方的否认。如果仲裁失败，您还可以向人民法院提起诉讼来继续维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。