结论：司机违章，老板一般不可以直接扣工资，但在特定条件下，如规章制度合法且司机同意，或因司机违章给公司造成实际损失时，老板可以依法扣除部分工资。
一、一般情况：老板不可以直接扣工资
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣或无故拖欠。司机作为劳动者，其工资受法律保护，老板不能因为司机违章就直接扣除工资。
二、特定条件下的工资扣除
规章制度合法且司机同意：
- 如果公司的规章制度中明确规定了司机违章的处罚措施，包括扣除工资，并且这些规章制度是经过民主程序制定、公示或告知劳动者的，同时司机在入职时或违章后明确表示同意接受这样的处罚，那么在这种情况下，老板可以依据规章制度扣除司机的部分工资。但扣除的工资数额应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
因司机违章给公司造成实际损失：
- 如果司机违章行为给公司造成了实际的经济损失，如交通事故导致的车辆维修费用、赔偿费用等，老板可以根据《工资支付暂行规定》的相关规定，要求司机承担部分或全部损失。在这种情况下，扣除的工资数额应当以实际损失为限，且需要保留相关证据以证明损失的存在和数额。
三、工资扣除的注意事项
扣除比例限制：
- 即使符合上述特定条件，老板扣除司机工资的比例也受到法律限制。一般来说，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
程序合法性：
- 老板在扣除司机工资前，应当确保扣除程序合法。这包括告知司机扣除的原因、数额和依据，以及给予司机申诉和解释的机会。如果司机对扣除工资有异议，老板应当及时处理并给出合理答复。
四、建议
- 对于司机：如果因为违章被老板扣除工资，且认为扣除不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于老板：在制定规章制度时，应当确保规章制度合法、合理且经过民主程序制定、公示或告知劳动者。在扣除司机工资时，应当遵守法律法规的强制性规定，确保扣除程序合法且扣除数额合理。
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