结论：在劳动仲裁中，如果一起仲裁了两家公司而其中一家不来，仲裁庭将依法进行缺席裁决，员工的合法权益仍能得到有效保护。若该公司不履行裁决，员工可向法院申请强制执行。以下从多个角度详细分析：
一、仲裁庭对缺席公司的处理方式
缺席裁决的法律依据：
- 根据《劳动人事争议仲裁办案规则》第三十九条，被申请人（即公司）收到书面开庭通知后，无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，仲裁庭可以继续开庭审理，并缺席裁决。这意味着，即使公司不参与仲裁庭审，仲裁程序仍会继续进行，不会因此中止或取消。
公告送达与缺席裁决的特殊情况：
- 若仲裁庭无法联系到公司或公司拒收相关文书，仲裁庭可通过公告方式送达开庭通知等法律文书。公告期满后，如公司仍未出席，仲裁庭将依法作出缺席裁决。这一规定确保了仲裁程序的顺利进行，即便在面对公司不配合的情况下。
二、缺席裁决后的后续措施与权益保障
裁决的生效与执行：
- 缺席裁决作出后，只要裁决书依法送达双方，且未在规定时间内（一般是自收到仲裁裁决书之日起十五日内）向人民法院提起诉讼，该裁决即发生法律效力。这意味着，裁决书一旦生效，就具有法律约束力，公司必须履行。
申请强制执行的期限与条件：
- 如公司不履行生效的仲裁裁决，劳动者有权在裁决书生效后的二年内向法院申请强制执行。这一规定确保了劳动者在裁决生效后，有足够的时间来维护自己的合法权益。
执行措施的具体内容：
- 法院在执行过程中，有权采取多种强制措施，如查询、冻结、划拨公司的银行存款，查封、扣押、拍卖、变卖公司的财产等。这些措施旨在确保劳动者的合法权益得到切实实现。
三、对劳动者的建议与指导
积极参与仲裁程序，准备充分证据：
- 劳动者应积极参与仲裁程序，准备充分的证据材料来支持自己的主张。只有提供了充分、有效的证据，才能增加获得有利裁决的可能性。
了解并配合仲裁庭和法院的工作：
- 在整个仲裁和执行过程中，劳动者应积极配合仲裁庭和法院的工作，按照要求提供相关证据和材料。同时，也要了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的合法权益。
关注裁决书的送达与生效情况：
- 劳动者应关注裁决书的送达情况，确保自己及时收到裁决书。同时，也要了解裁决书的生效时间，以便在必要时及时向法院申请强制执行。
四、特殊情况下的处理建议
- 如果缺席的公司是两家公司中的关键一方，且其缺席可能影响裁决的公正性，劳动者可以在仲裁过程中向仲裁庭提出异议，并请求仲裁庭采取相应措施确保裁决的公正性。
- 如果劳动者对缺席裁决的结果有异议，可以在规定时间内向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
综上所述，即使公司在劳动仲裁中不出席，劳动者的权益仍能得到有效保护。因此，建议劳动者积极准备证据，参与仲裁程序，并在必要时向法院申请强制执行以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。