用人单位扣留毕业证原件是违法的。以下从法律背景、法律建议及可能的法律后果三个角度进行详细分析：
一、法律背景
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的明确规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”毕业证作为劳动者的重要证件之一，同样受到法律的保护，用人单位无权扣押。
二、法律建议
友好协商：
- 首先，劳动者应尝试与用人单位进行友好协商，明确指出扣押毕业证原件的违法性，并要求用人单位立即归还。
书面催告：
- 若协商无果，劳动者可以向用人单位发送书面催告函，明确指出其违法行为的性质，并限定合理期限（如3个工作日）要求归还毕业证原件。建议通过邮政特快专递（EMS）发送，并保留好寄送凭证和函件副本，以备后续维权使用。
向劳动监察部门投诉：
- 若用人单位在催告后仍不归还，劳动者可以向当地劳动监察部门进行投诉。投诉方式包括电话投诉（如拨打12333）、网上投诉（登录当地人力资源和社会保障局官方网站提交投诉）或现场投诉（前往劳动监察部门办公地点提交书面材料）。劳动监察部门有责任调查并责令用人单位改正。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 若劳动监察部门的处理结果不满意，劳动者可考虑进一步采取法律手段，如向人民法院提起诉讼，要求用人单位归还毕业证并赔偿因此造成的损失。在诉讼过程中，劳动者需提供充分证据证明用人单位的违法行为及损害后果。
三、可能的法律后果
用人单位面临行政处罚：
- 若用人单位违反《劳动合同法》的规定，扣押了劳动者的毕业证原件，劳动行政部门将责令其限期退还劳动者本人，并可能依照有关法律规定给予相应的行政处罚。
劳动者权益受损的赔偿：
- 若因用人单位扣押毕业证原件导致劳动者权益受损（如错过就业机会、遭受经济损失等），劳动者有权要求用人单位进行赔偿。
预防与注意事项
- 妥善保管证件：劳动者应妥善保管好自己的所有证件，避免遗失或损坏。在求职过程中，当需要出示毕业证原件时，应谨慎行事，仅在必要时向相关人员展示，并确保个人隐私和信息安全。
- 提高警惕：求职者在应聘过程中应提高警惕，保护好自己的个人证件和信息，避免落入“扣证件”的求职陷阱。
- 保留证据：在整个维权过程中，劳动者应妥善保留相关证据，如劳动合同、聊天记录、书面通知等，以备后续使用。
综上所述，用人单位扣留毕业证原件的行为是违法的，劳动者应依法维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。