事业单位扣押毕业证是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。毕业证作为劳动者的重要证件，属于“其他证件”的范畴，因此事业单位无权扣押。
事业单位性质与规定
事业单位作为国家设立的公共服务机构，其管理行为应当遵循国家法律法规的规定。扣押劳动者毕业证的行为，不仅违反了《劳动合同法》的相关规定，也损害了劳动者的合法权益，破坏了劳动市场的公平与秩序。
可能的法律后果
如果事业单位扣押了您的毕业证，您有权要求其立即返还。若事业单位拒绝返还，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。在这些法律程序中，事业单位可能会面临责令改正、罚款等行政处罚，以及赔偿您因此遭受的损失等民事责任。
建议与措施
与事业单位协商：首先，您可以尝试与事业单位进行协商，要求其返还毕业证。在协商过程中，您可以明确指出扣押毕业证的行为是违法的，并要求其立即改正。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以责令用人单位改正违法行为。
申请劳动争议仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果未能满足您的需求，您可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在这些法律程序中，您需要提供相关证据证明事业单位扣押了您的毕业证，并要求其承担相应的法律责任。
综上所述，事业单位扣押毕业证是不合法的行为。如果您遇到了这种情况，请务必保留好相关证据，并及时采取法律措施维护自己的合法权益。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。