关于“违规入编是否会被清退”的问题，结论是：违规入编存在被清退的法律风险，但具体是否清退需结合违规性质、程序合法性及单位处理方式综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、违规入编的常见情形及法律定性

1. 程序违规
   若入编过程中存在“未通过公开招聘考试”“未履行审批程序”“伪造档案材料”等程序性违规，根据《事业单位人事管理条例》第9条，事业单位公开招聘工作人员需“公开、平等、竞争、择优”，违规操作可能导致入编无效，单位有权清退。
   例：某教师未参加公开招聘，通过关系直接入编，后被举报查实，单位可依据《条例》解除聘用合同。

2. 条件不符
   若入编时隐瞒真实情况（如学历造假、年龄超限、健康状况不实等），违反《事业单位公开招聘人员暂行规定》第14条“应聘人员应如实提供个人信息”，单位发现后可依据《劳动合同法》第26条主张合同无效，并清退人员。
   例：某人伪造本科文凭入编，单位在年度考核中发现学历造假，可立即终止聘用关系。

3. 纪律违规
   若入编后被发现存在严重违纪行为（如贪污受贿、性侵等），根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第22条，单位可直接开除，并同步清退编制。
   例：某公务员入编后因醉驾被判刑，单位可依据《公职人员政务处分法》第14条予以开除，编制自然终止。

二、清退的法定程序与救济途径

1. 单位处理程序
   单位需遵循“调查取证→听取陈述申辩→集体讨论决定→送达书面通知”的流程，若程序违法（如未告知申辩权），被清退人员可依据《行政诉讼法》第12条提起行政诉讼，要求撤销清退决定。
   例：某医院未召开职工代表大会讨论即清退违规入编人员，法院可能以程序违法判决撤销决定。

2. 被清退人员的权利

   • 经济补偿：若入编时已签订聘用合同，单位违法解除合同的，需按《劳动合同法》第47条支付经济补偿（工作满1年赔1个月工资）。
     
   • 申诉渠道：可向同级事业单位人事综合管理部门（如人社局）申诉，或通过劳动仲裁、诉讼维权。
     例：某教师被违规清退后，通过劳动仲裁获赔5万元经济补偿。

三、特殊情形下的处理原则

1. 历史遗留问题
   若违规入编发生在2006年《事业单位公开招聘人员暂行规定》实施前（如“顶替入编”），单位可能因“法不溯及既往”原则难以直接清退，但可通过调整岗位、降薪等方式处理。
   例：某职工1998年通过关系入编，2023年单位发现后，仅能调整其至非编制岗位，无法直接清退。

2. 单位过错共担
   若单位在入编审核中存在明显过错（如故意放纵违规），被清退人员可主张单位承担部分责任，法院可能酌情减少赔偿金额。
   例：某单位明知应聘者学历造假仍办理入编，后被清退时，法院判决单位承担30%责任。

四、实务建议

1. 对单位：

   • 严格审核入编材料，建立“三级审查”机制（部门初审、人事复审、领导终审）。
     
   • 定期开展编制清理专项行动，对历史入编人员逐一核查。
     

2. 对个人：

   • 若已违规入编，主动向单位坦白并配合整改，可能减轻处罚。
     
   • 若被清退，及时收集证据（如聘用合同、工资记录），通过法律途径维权。
     

如有具体案件细节（如违规方式、单位处理进度等），可直接向我咨询，我会结合案例进一步分析风险点与应对策略。