结论：在符合一定条件下，总公司与员工签订劳动合同，并由子公司代发工资是可行的，但必须确保有明确的约定、合法的授权以及严格的税务和财务处理，以防范潜在的法律风险。以下是对此问题的详细分析：
一、法律层面分析
劳动合同关系：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在此情况下，劳动者与总公司签订了劳动合同，即表明劳动者与总公司建立了劳动关系。
工资支付主体：
- 虽然劳动者与总公司存在劳动关系，但工资支付并不必然由总公司直接进行。在实际操作中，由于业务安排或管理需要，总公司可能委托其子公司代为支付工资。这种委托支付行为并不改变劳动者与总公司之间的劳动关系。
法律责任：
- 如果子公司在代发工资过程中存在违法行为（如拖欠工资、未依法缴纳社会保险等），劳动者仍然有权向总公司主张权利。因为总公司作为劳动合同的签订方和用人单位，对劳动者负有法定的责任和义务。
二、实际操作中的注意事项
明确约定：
- 在劳动合同中，应明确约定工资的支付方式、支付时间以及支付主体等信息，以避免后续产生纠纷。如果总公司委托子公司代发工资，最好在劳动合同中予以注明，或者通过补充协议的方式明确双方的权利和义务。
- 示例：可以在劳动合同中增加一条：“员工的工资由总公司的子公司XX公司代为支付，支付时间为每月XX日，支付方式为银行转账。”
合法授权：
- 总公司与子公司之间应签订明确的协议或规定，详细说明由子公司代发总公司员工工资的具体安排、责任划分以及相关的财务和税务处理。这份协议不仅要在公司内部得到批准，还必须符合相关法律法规的规定，以确保其合法性。
保留证据：
- 劳动者应妥善保管好与工资支付相关的证据材料（如工资条、银行流水等），以便在发生争议时能够维护自己的合法权益。
了解公司架构：
- 劳动者应了解自己所在公司的组织架构和运营模式，明确自己与总公司、子公司之间的关系，以便更好地维护自己的权益。
社保缴纳与税务处理：
- 总公司应按照员工的实际工资收入，依法足额为员工缴纳社会保险。
- 公司需按照税法规定进行申报和缴纳税款，并确保所有财务记录的真实性和准确性。
三、潜在法律风险及防范
劳动关系认定争议：
- 工资发放情况是认定劳动关系的重要参考因素之一。为避免劳动关系认定的争议，建议在劳动合同中或补充协议中明确注明工资的支付方、支付方式及时间等关键条款。
法律责任承担：
- 总公司作为劳动合同的用人单位，应承担用人单位的法定义务。若由子公司发放工资，需明确在子公司无法按时足额发放工资时，总公司的法律责任承担方式。
税务和财务合规：
- 确保所有财务和税务处理符合相关法律法规的规定，避免因违规操作而引发的法律风险。
建议：在实施这种薪酬支付方式前，建议你或你所在的公司咨询专业的法律意见，对具体方案进行法律评估和风险审查。同时，建立健全的财务管理制度，确保工资发放的记录清晰、准确，以便在需要时能够证明工资发放的实际情况。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。