结论：单位将个人工资发放从总公司调到子公司是否合法，需根据具体情况判断，包括是否经过员工同意、是否变更劳动合同主体以及是否影响员工权益等。以下从不同角度进行分析：

1. 若未经员工同意，且劳动合同主体未变更：

   • 法律分析：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若单位未经员工同意，擅自将工资发放从总公司调到子公司，且劳动合同主体（即用人单位）未发生变更，这种行为可能构成对劳动合同的违反，因为工资发放方式属于劳动合同的重要内容之一。
   • 建议：员工有权要求单位按照原劳动合同约定的方式发放工资，并可以与单位进行协商，要求单位纠正不当行为。若单位拒绝纠正，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 若劳动合同主体变更为子公司，且员工同意：

   • 法律分析：如果单位与员工协商一致，将劳动合同主体变更为子公司，并且员工同意这一变更，同时子公司也愿意承担原劳动合同下的权利和义务，那么这种工资发放方式的变更可能是合法的。但需要注意的是，变更劳动合同主体需要签订书面的变更协议，并明确双方的权利和义务。
   • 建议：在签订变更协议前，员工应仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受损害。如果员工对协议内容有疑问或不满，应及时与单位沟通并寻求法律帮助。

3. 若劳动合同主体变更为子公司，但员工不同意：

   • 法律分析：如果单位未经员工同意，擅自将劳动合同主体变更为子公司，这种行为可能构成对劳动合同的违反。员工有权拒绝这一变更，并要求单位继续履行原劳动合同。
   • 建议：员工应明确表达自己的意愿，要求单位按照原劳动合同履行义务。如果单位坚持变更且员工不同意，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

4. 可能涉及的法律后果：

   • 若单位行为违法：单位可能面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。同时，员工有权要求单位支付因违法变更劳动合同而造成的损失，如工资差额、经济补偿等。
   • 若员工权益受损：员工可以通过法律途径维护自己的权益，包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

额外提醒：在实际操作中，工资发放方式的变更可能涉及多个方面，如社保缴纳、个税申报等。因此，在做出变更前，单位应充分考虑这些因素，并确保变更的合法性和合规性。同时，员工也应密切关注自己的权益变化，及时与单位沟通并寻求法律帮助。

总结：单位将个人工资发放从总公司调到子公司是否合法，需根据具体情况判断。如果涉及劳动合同主体的变更或工资发放方式的重大调整，建议单位与员工进行充分协商并签订书面协议。员工在面对这种情况时，应明确自己的权益并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。