结论：公司规定的扣除工资未扣除，能否追回以及是否合法，需分情况讨论。

1. 关于能否追回

• 若公司因自身原因（如管理疏忽、系统错误等）未扣除应扣工资：

  • 一般情况下，公司有权在后续月份中补扣这部分工资，但需遵循相关法律法规，如提前与员工沟通、确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准等。
  • 如果公司未能在合理期限内补扣，且员工已离职或公司无法通过其他方式合理追回，那么公司可能难以直接追回这部分工资。但公司可以通过法律途径（如提起民事诉讼）要求员工返还，不过这通常不是首选方案，因为涉及诉讼成本和时间成本。

• 若员工存在过错导致公司未扣除工资（如员工故意隐瞒或提供错误信息）：

  • 公司有权要求员工返还这部分工资，并可以通过内部规章制度或劳动合同中的相关条款进行约束。
  • 如果员工拒绝返还，公司同样可以通过法律途径解决。

2. 关于是否合法

• 公司扣除工资必须合法合规：

  • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司扣除员工工资必须基于合法、合理的原因，如员工违纪、造成公司损失等，并且扣除的比例和金额需符合法律法规的限制。
  • 如果公司未经员工同意或未按照法律法规的规定扣除工资，那么这种扣除行为就是违法的。

• 未扣除工资本身不直接构成违法：

  • 公司未扣除应扣工资，并不直接违反法律法规。但是，如果公司因此导致员工工资高于其应得水平，且这种高工资是基于公司错误或疏忽而产生的，那么公司有权在后续进行补扣或采取其他合理措施。
  • 重要的是，公司在处理这类问题时需遵循公平、公正的原则，确保员工的合法权益不受侵害。

建议：

• 对于公司而言，应建立健全的工资管理制度，确保工资扣除的合法性和合理性。同时，加强与员工的沟通，确保员工对工资扣除的原因和金额有清晰的了解。
• 对于员工而言，如果发现公司未扣除应扣工资，应及时与公司沟通确认。如果公司后续要求补扣，员工应配合并理解公司的做法。如果员工认为公司的扣除行为违法或不合理，可以通过内部申诉或法律途径维护自己的权益。

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