结论：公司克扣工资，即使员工当时没有提出异议，后续在一定条件下仍然有可能追回损失。以下从不同角度进行分析：
一、法律层面
克扣工资的违法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。” 公司克扣工资的行为本身就是违法的。
追诉时效：
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这意味着，如果员工在发现公司克扣工资后的一年内提出仲裁申请，仍然有可能追回损失。
二、实际操作层面
收集证据：
- 员工需要收集能够证明公司克扣工资的证据，如工资条、银行转账记录、公司通知或公告等。这些证据将有助于员工在后续的仲裁或诉讼中证明自己的权益受到了侵害。
与公司协商：
- 在发现公司克扣工资后，员工可以首先尝试与公司进行协商，要求公司补发被克扣的工资。如果公司同意补发，那么问题就得到了解决。
申请仲裁或提起诉讼：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司补发被克扣的工资并支付相应的赔偿。如果对仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼。
三、特殊情况考虑
员工是否知情：
- 如果员工在克扣工资发生时确实不知情，或者由于某种原因（如被欺骗、被胁迫等）无法及时提出异议，那么这并不影响员工后续追回损失的权利。
公司是否恶意克扣：
- 如果公司存在恶意克扣工资的行为，如故意隐瞒、伪造证据等，那么员工在追回损失的同时，还可以要求公司支付相应的赔偿金。
四、建议与提醒
- 及时行动：一旦发现公司克扣工资，员工应尽快采取行动，收集证据并与公司协商或申请仲裁。拖延时间可能会影响追诉时效和证据的收集。
- 保留证据：员工应妥善保管与工资相关的所有证据，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果员工在追回损失的过程中遇到困难或不确定如何操作，可以寻求专业律师的帮助。
示例：假设员工A在2023年1月发现公司克扣了其2022年12月的工资，但当时由于各种原因没有提出异议。到了2023年5月，员工A决定追回这笔损失。他收集了工资条、银行转账记录等证据，并首先尝试与公司协商。协商无果后，他向当地的劳动争议仲裁委员会申请了仲裁，并最终成功追回了被克扣的工资。
最后，如果你在公司克扣工资方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。