公司发多了工资要扣回去，这一行为是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司能证明多发工资系因计算错误或操作失误导致：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权要求劳动者返还多发的工资。这是因为，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，多发工资并非劳动者的合法所得，劳动者没有合法依据取得该部分利益，构成不当得利。
   • 操作建议：公司应与劳动者进行友好协商，说明情况，并要求返还。若劳动者拒绝返还，公司可以通过法律途径，如提起民事诉讼，要求劳动者返还多发的工资。

2. 若公司无法证明多发工资系因计算错误或操作失误，且劳动者已实际领取并使用：

   • 在这种情况下，如果公司未能提供充分证据证明多发工资的事实，且劳动者已经实际领取并使用了该部分工资，那么公司要求劳动者返还可能会面临一定的法律障碍。
   • 法律风险：公司若强行扣回，可能构成对劳动者工资的非法克扣，违反《中华人民共和国劳动法》中关于工资支付的规定，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资及可能的赔偿。

3. 若公司多发工资后，与劳动者达成书面协议，明确约定返还事宜：

   • 如果双方能够就多发工资的返还事宜达成书面协议，那么该协议具有法律效力，双方应按照协议约定履行。
   • 操作建议：协议中应明确返还的金额、时间、方式等具体事项，以避免后续纠纷。

额外建议：

• 对于公司：在发放工资时，应仔细核对工资数额，确保准确无误。若发现多发工资，应及时与劳动者沟通，并保留好相关证据，以便后续处理。
• 对于劳动者：若收到公司通知要求返还多发工资，应首先核实情况，确认是否确实多发。若确实多发，应与公司友好协商，按照约定返还；若认为公司要求不合理，可以寻求法律帮助，维护自己的合法权益。

总结：公司发多了工资要求扣回是否合法，取决于公司能否证明多发工资的事实及原因，以及双方是否就此达成书面协议。在处理此类纠纷时，建议双方保持冷静，通过友好协商或法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。