公司要扣除工资是否合法，这取决于扣工资的具体原因和方式是否符合法律法规的规定。以下是从多个角度对这一问题的详细分析：
一、合法扣工资的情形
代扣代缴法定款项：
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险、失业保险等）以及住房公积金等。这些费用由用人单位和个人共同承担，单位有权从员工工资中代扣个人应缴纳的部分。
- 此外，如果员工需要支付抚养费、赡养费或其他法定费用，且法院已作出判决或裁定，公司也可以依法代扣。
依据合法有效的规章制度：
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示，那么公司在员工违反规章制度时，有权按照制度规定扣除相应工资。例如，员工旷工或迟到早退达到制度规定的次数，公司可按规定扣除相应工资。但需注意，罚款的金额和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。
员工给公司造成经济损失：
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
绩效工资调整：
- 绩效工资作为浮动工资部分，公司可以根据员工的绩效考核结果来调整其绩效工资。这种调整应基于公平、公正的原则，并且与员工的绩效表现直接相关。
事假扣款：
- 员工请事假期间，公司可以不支付其工资。这并非严格意义上的“扣工资”，而是基于员工未提供正常劳动的事实。
二、违法扣工资的情形
无正当理由随意扣工资：
- 公司没有任何法定理由或规章制度依据，随意降低员工工资标准、克扣工资，属于违法行为。例如，仅因领导个人对员工不满就无故扣减工资。
超出法定扣除范围：
- 即使存在合法理由扣工资，如果扣减后的工资低于当地最低工资标准，也是不合法的。公司必须确保支付给员工的工资不低于当地政府规定的最低工资标准。
未经同意擅自扣除：
- 公司在未征得员工同意的情况下，擅自扣除员工工资用于其他用途，如捐款、赞助等，属于违法行为。
以实物或有价证券代替货币支付工资：
- 公司必须以货币形式支付工资，不得以实物或有价证券替代。
三、维权途径
当员工认为公司存在违法扣工资的行为时，可以采取以下维权途径：
与公司协商：
- 首先尝试与公司进行沟通，了解扣工资的原因和依据，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其对公司的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁：
- 对于劳动监察部门的处理结果不满意或公司拒不改正的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，要求公司承担相应的法律责任。
总结来说，公司扣除工资是否合法，需根据具体情况判断。在合法情形下，公司有权扣除员工部分工资；但在非法情形下，公司不得随意扣减员工工资，否则将承担相应的法律责任。如果你对公司扣除工资的行为有疑问或认为不合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。