奶茶店因使用过期原料被罚款五千元是否合理，需结合具体情况判断，但五千元罚款在法律框架内属于常见处罚幅度。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚标准
   根据《中华人民共和国食品安全法》第一百二十四条，经营超过保质期的食品原料，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法经营的食品原料，并处五万元以上十万元以下罚款；情节轻微的，可处五千元以上五万元以下罚款。

   • 若奶茶店属于首次违法、过期原料数量较少、未造成实际危害后果（如未引发消费者健康问题），且能主动配合调查、整改，监管部门可能适用“情节轻微”条款，处五千元以上罚款。
     
   • 若存在多次违法、过期原料数量大、已造成消费者损害（如食物中毒）等情节，罚款金额可能远高于五千元。

2. 五千元罚款的合理性判断

   • 从法律幅度看：五千元是“情节轻微”情形的下限，若符合减轻处罚条件（如主动召回产品、立即整改），监管部门有权在此范围内裁量，因此五千元罚款具有合法性。
     
   • 从实践案例看：类似案件中，若过期原料价值较低、未造成严重后果，五千元罚款是常见处罚结果。例如，某奶茶店因使用少量过期奶精被罚五千元，法院最终支持了行政处罚的合理性。

3. 对奶茶店的建议

   • 立即整改：全面检查库存原料，销毁所有过期产品，完善进货查验和保质期管理制度。
     
   • 配合调查：主动向监管部门提交整改报告，争取从轻处理。
     
   • 法律风险防范：定期组织员工培训食品安全法规，避免因疏忽导致重复违法。

若您对具体案件的处罚依据或程序有疑问，可进一步提供细节，我将为您详细分析。