在综合工时制下，若排休日恰逢法定节假日，用人单位确实有支付工资的义务。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
综合工时制定义：综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分员工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
法定节假日工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在法定节假日享有带薪休假的权利，即使用人单位安排劳动者在法定节假日工作，也需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。若法定节假日恰逢劳动者的休息日（在综合工时制下为排休日），用人单位仍需按照法定节假日的标准支付工资。
具体分析
排休日与法定节假日重合：在综合工时制下，劳动者的休息日（排休日）是根据工作周期和实际需要安排的。若排休日恰好与法定节假日重合，劳动者应享受法定节假日的待遇，即带薪休假。
工资支付义务：由于法定节假日是劳动者依法享有的带薪休假日，因此，即使这一天原本是劳动者的排休日，用人单位也需按照法定节假日的标准支付工资。这是用人单位的法定义务，不得以任何理由拒绝或克扣。
法律建议
保留证据：劳动者应妥善保留与用人单位签订的劳动合同、工资单、排班表等证据，以便在发生争议时证明自己的权益。
及时沟通：若用人单位未按照法定节假日的标准支付工资，劳动者应及时与用人单位沟通，要求补发工资或采取其他补救措施。
寻求法律援助：若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果
若用人单位未按照法定节假日的标准支付工资，可能面临以下法律后果：
补发工资：用人单位需补发劳动者应得的法定节假日工资。
支付赔偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关规定，用人单位还可能需支付劳动者一定的赔偿金。
行政处罚：劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
综上所述，在综合工时制下，若排休日恰逢法定节假日，用人单位有支付工资的义务。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。