在综合工时制下，遇到法定节假日时，处理方式需要兼顾员工的休息权益、工资支付以及工时计算的合规性。以下是对这一问题的详细解答：

一、工资支付方面

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，法定节假日是劳动者休息和享受特殊待遇的日子。若在法定节假日安排劳动者工作，用人单位必须支付不低于工资百分之三百的工资报酬，这一原则在综合工时制下同样适用。这意味着，无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间是否超过法定标准工作时间，只要在法定节假日被安排工作，都能获得三倍的加班工资，且这一支付标准不能以补休来替代。

举例：假设员工小张实行综合工时制，日工资为300元。若在春节（法定节假日）当天被安排上班，那么小张当天的工资应为900元（即300元×3），其中包含了正常的日工资300元和额外的加班工资600元。

二、工时计算方面

在综合工时制下，法定节假日的工作时间应计入该综合计算周期的总工作时间内。但重要的是，在核算是否超出法定标准工作时间时，法定节假日的工作时间并不作为判断是否超时加班的依据。也就是说，员工在法定节假日的工作时间不会导致其被视为超时加班。

举例：若某企业实行以月为周期的综合工时制，法定标准工作时间为每月176小时。员工小李在该月内法定节假日工作了4小时，其他正常工作日累计工作了170小时。虽然总工作时间达到了174小时，但由于法定节假日的4小时不计入超时加班的判断，因此小李该月并未超时加班。

三、休息权益方面

法定节假日是全民共同休息的日子，即使在综合工时制下，员工也有权在这些日子里休息。雇主应尊重员工的休息权益，不得强行要求员工在法定节假日加班。如果因工作需要确实需要安排员工在法定节假日工作，应事先与员工协商，并尽可能通过调休或补休的方式弥补员工的休息时间。这种调休或补休的安排应确保员工的合法权益不受损害，且应遵循公平、合理的原则。

四、合规性审查方面

对于采用综合工时制的雇主来说，确保工作安排符合法律法规的要求至关重要。在制定工作计划和安排员工加班时，雇主应仔细审查相关法律法规，确保所有操作都合法合规。这包括但不限于对工时计算的准确性进行复核、对加班工资支付的合法性进行审查以及对员工休息权益的保障措施进行落实等。雇主还应定期对综合工时制的执行情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。

总结：综合工时制在遇到法定节假日时，应充分尊重员工的休息权益，合理安排工作时间和休息时间，并依法支付加班工资（如有必要）。同时，雇主还应加强合规性审查，确保所有工作安排都符合法律法规的要求。这样既能保障员工的合法权益，又能促进企业的健康发展。