当父亲去世，母亲健在，且母亲希望将遗产（如房产）的份额给两个女儿时，处理方式可以遵循以下建议：

一、明确遗产归属

1. 确认共同财产：

   • 首先需要确认遗产（如房产）是否属于父母的共同财产。如果是，那么父亲去世后，他所拥有的那部分份额将作为遗产进行分配。

2. 份额划分：

   • 在没有遗嘱的情况下，通常母亲会分得共同财产中的较大份额（如2/3），而子女们则共同分得剩余份额（如1/3）。具体份额可能因地区法律和家庭情况而有所不同。

二、遗产分配方式

1. 遗嘱继承：

   • 如果母亲希望将自己所拥有的份额以及从父亲那里继承的份额全部留给两个女儿，她可以选择立下遗嘱。
   • 遗嘱必须符合法定的形式要求，如自书遗嘱需要母亲亲自书写、签名，并注明具体的日期。
   • 通过遗嘱，母亲可以明确指定两个女儿为遗产的继承人，并分配具体的份额。

2. 法定继承：

   • 如果没有立下遗嘱，那么遗产将按照法定继承的规则进行分配。
   • 在这种情况下，母亲和子女们将对父亲遗留下来的份额进行平均分配（或根据法律规定的份额进行分配）。

3. 生前过户：

   • 母亲也可以选择在自己生前办理房产的过户手续，将自己以及父亲所拥有的份额一起过户给两个女儿。
   • 这种方式需要缴纳相应的税费，并且可能需要办理一些额外的法律手续。

三、注意事项

1. 税费问题：

   • 无论是通过遗嘱继承还是生前过户，都可能涉及到税费的缴纳。具体税费金额和缴纳方式可能因地区和政策而有所不同，建议咨询当地税务部门或律师。

2. 法律手续：

   • 办理遗产继承或过户手续时，需要遵循相关的法律规定和程序。建议咨询专业的律师或法律机构，以确保手续的合法性和有效性。

3. 家庭协商：

   • 在处理遗产问题时，家庭成员之间应该进行充分的沟通和协商，以避免可能出现的纠纷和问题。

综上所述，母亲可以通过立下遗嘱、选择法定继承或生前过户等方式将遗产的份额给两个女儿。在处理过程中，应注意税费问题、法律手续以及家庭协商等方面的事项，以确保遗产的顺利传承。