结论：底薪涨而只涨加班费是否合法，需分情况讨论，主要取决于劳动合同的约定以及公司调薪的合法性和合理性。
分析：
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同中通常会约定劳动者的工资构成，包括底薪、加班费、奖金等。
- 如果劳动合同中明确规定了底薪和加班费的计算方式，并且约定了调薪的条件和程序，那么公司按照合同约定调整底薪和加班费是合法的。但在此情况下，若公司只涨底薪对应的加班费而不涨底薪本身，且这种调整并未违反劳动合同的明确约定，那么这种调整在合同层面可能是合法的，但可能引发员工的不满或争议，因为员工可能期望底薪和加班费都能得到相应提升。
- 如果劳动合同中没有明确约定调薪的条件和程序，或者约定不明确，那么公司单方面调整底薪和加班费就可能涉及违法。特别是当这种调整只针对加班费而不涉及底薪时，更容易引发劳动争议。
公司调薪的合法性和合理性：
- 即使劳动合同中没有明确约定调薪的条件和程序，公司也不是完全不能调整员工的工资。但公司需要确保调薪的合法性和合理性，包括调薪的原因、幅度、程序等都需要符合法律法规的规定和公平合理的原则。
- 如果公司调薪的原因不合理（如为了降低人力成本而单方面降低底薪或只涨加班费）、幅度过大（如突然大幅提高加班费计算基数而底薪不变）、程序不合法（如未与员工协商一致或未履行必要的告知义务），那么这种调薪就可能是违法的。
可能的法律后果：
- 如果公司调薪违法或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司恢复原工资待遇或支付差额工资等。
- 在极端情况下，如果公司调薪行为严重违反法律法规或劳动合同约定，员工还有权解除劳动合同并要求公司支付经济补偿金。
建议：
- 对于员工而言，如果发现公司调薪只涨加班费而不涨底薪，首先应仔细审查劳动合同中的相关约定，了解自己的权利和义务。
- 如果认为公司的调薪行为违法或不合理，可以与公司进行协商沟通，要求公司给予合理解释和调整。
- 如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在调整员工工资时，应确保调薪的合法性和合理性，遵守法律法规的规定和劳动合同的约定，避免引发劳动争议和法律风险。
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