结论：事业单位内设机构负责人若想辞去职务而领导不同意，您依然有权依法辞职，单位应依法办理离职手续。若协商无果，您可通过法律途径来维护自己的权益。以下是从多个角度为您提供的详细分析和建议：
一、了解法律法规与单位规定
熟悉法规：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者享有提前通知解除劳动合同的权利。具体来说，您可以提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同（试用期内为三日）。
- 同时，您还应研读《事业单位人事管理条例》，了解关于事业单位工作人员辞职的特别规定，以确保您的行为符合法律法规。
查看单位规定：
- 仔细查阅您的聘用合同、单位内部的人事管理制度等文件，确认辞职的具体要求和流程。特别是要注意是否有特殊的服务期约定或需履行的特定手续，这些可能会影响您的辞职进程。
二、依法履行辞职程序
书面通知：
- 以正式的书面形式向单位提交辞职申请，明确表达您的辞职意愿、预计离职时间等关键信息。此步骤是法定程序，无需单位同意。您只需确保申请符合单位规定的格式和要求即可。
留存证据：
- 通过挂号信、EMS等可查询的方式寄送辞职申请，或在提交时要求单位出具签收凭证。这样，在后续可能出现的纠纷中，您就能提供确凿的证据证明自己已经提交了辞职申请。
办理离职手续：
- 在书面通知的期限到达后，您有权要求单位办理离职手续。如果单位拒绝或拖延，您可以向劳动行政部门投诉，请求协助解决。
三、沟通与协商
坦诚交流：
- 主动与单位领导、人事部门负责人沟通您的辞职原因，争取他们的理解。通过坦诚的交流，您可能能够找到双方都能接受的解决方案。
探讨解决方案：
- 讨论可能的过渡措施，如工作交接、挂职等，以减少对单位工作的影响。这样既能体现您的职业素养，也能为双方留下良好的印象。
四、法律救济途径
内部申诉：
- 如果单位仍不同意您的辞职申请，您可以按单位内部的申诉程序向相关部门反映情况，请求调解。这通常是解决内部纠纷的第一步，也是相对温和的方式。
劳动仲裁：
- 如果内部解决无望，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，您需要提供充分的证据支持自己的主张，如辞职申请、签收凭证、沟通记录等。
法律诉讼：
- 如果对仲裁结果不满，您可以在规定期限内向人民法院提起诉讼。通过司法途径，您可以更全面地维护自己的合法权益。
五、注意事项
- 在整个辞职过程中，您应确保自己的行为合法合规，避免采取过激手段。这不仅有助于维护您的个人形象，也能避免不必要的法律纠纷。
- 妥善保管所有与辞职相关的证据材料，如辞职申请、签收凭证、沟通记录、工作交接单等。这些材料在后续可能出现的纠纷中将成为您维护自己权益的重要武器。
最后，我想强调的是，虽然您作为事业单位内设机构负责人可能面临一些特殊的辞职挑战，但您依然享有法律赋予的辞职权利。只要您依法行事、积极沟通、妥善保留证据，并通过合适的法律途径来维护自己的权益，您一定能够顺利解决这个问题。如果您在辞职过程中遇到任何法律问题或困惑，欢迎随时向我咨询。