结论：孕晚期提前休假公司扣工资是否合法，需根据休假性质及法律规定综合判断。若属于法定产假或符合病假条件的医疗期，公司扣工资不合法；若属于事假或未经批准的擅自离岗，公司扣工资可能合法。
详细分析：
法定产假期间：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期享有特殊的劳动保护。其中，产假是女职工在生育期间依法享有的休息权利，期间工资待遇通常由生育保险基金支付（若单位已缴纳生育保险），或由单位按照原工资标准支付（若未缴纳生育保险）。
- 若孕晚期提前休假属于法定产假的一部分，则公司无权扣除工资。因为产假是女职工的法定权利，公司必须保障。
病假（医疗期）期间：
- 若孕晚期女职工因身体原因需要提前休假，且符合病假条件（如医生出具的诊断证明等），则休假期间应视为医疗期。
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等，医疗期内公司应支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
- 若孕晚期提前休假属于病假，则公司扣除工资的行为不合法，应支付相应的病假工资。
事假或擅自离岗期间：
- 若孕晚期女职工未经公司批准，擅自离岗或以事假为由提前休假，且不符合法定产假或病假条件，则公司有权根据内部规章制度扣除工资。
- 但需注意：公司规章制度必须合法合理，且已向员工公示或告知。若规章制度中未明确规定此类情况的处理方式，或规定与法律法规相抵触，则公司扣除工资的行为可能不合法。
建议与行动：
对于女职工：
- 在孕晚期提前休假前，应与公司沟通并明确休假性质（如产假、病假等）。
- 若符合法定产假或病假条件，应保留相关证据（如医生诊断证明、产假申请等），以便在发生纠纷时维护自身权益。
- 若公司扣除工资，可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司：
- 应完善内部规章制度，明确各类假期的处理方式和工资支付标准。
- 在处理孕晚期女职工提前休假问题时，应依法依规进行，避免侵犯女职工的合法权益。
- 若女职工符合法定产假或病假条件，应按时支付工资；若不符合条件，也应与员工沟通并说明理由。
总结：孕晚期提前休假公司扣工资是否合法，需根据休假性质及法律规定综合判断。女职工在休假前应与公司沟通并明确休假性质，保留相关证据；公司在处理此类问题时也应依法依规进行。如有任何疑问或纠纷，可直接向我咨询。