结论：公司对工资不到五千的员工扣税是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若工资未达到个税起征点，公司扣税则不合法；若存在其他应税所得或特殊情况，则可能合法。
分析说明：
个税起征点与工资扣税：
- 根据我国现行个人所得税法，工资、薪金所得的个税起征点为每月5000元（年收入6万元）。这意味着，如果员工的月工资未达到5000元，其工资部分是不需要缴纳个人所得税的。
- 若公司扣税：在这种情况下，如果公司仍然对工资不到五千的员工扣除了税款，那么这种行为通常是不合法的。员工有权要求公司退还多扣的税款，并可以向税务部门投诉。
其他应税所得与特殊情况：
- 其他应税所得：虽然工资未达到个税起征点，但员工可能还有其他应税所得，如稿酬、特许权使用费、财产租赁所得等。如果这些所得超过了相应的起征点或免税额，员工是需要缴纳个人所得税的。但这种情况下的扣税应针对的是其他应税所得，而非工资本身。
- 特殊情况：在某些特殊情况下，如员工享受了某些税收优惠政策后的实际税负可能低于按常规计算的结果，或者公司因误算、系统错误等原因多扣了税款等，也可能出现工资不到五千但被扣税的情况。这些情况下，需要具体分析原因，并确定公司的扣税行为是否合法。
法律建议：
- 核实扣税情况：员工应首先核实自己的工资条和扣税记录，确认公司扣税的具体原因和金额。
- 与公司沟通：如果员工认为公司扣税不合法，可以与公司进行沟通，要求公司解释扣税的原因，并退还多扣的税款。
- 向税务部门投诉：如果公司拒绝退还多扣的税款，或者员工对公司的解释不满意，可以向当地税务部门投诉，寻求税务部门的帮助和调解。
行动指南：
- 保留证据：员工应妥善保管自己的工资条、扣税记录等相关证据，以便在需要时提供证明。
- 及时咨询：如果员工对个税政策或公司的扣税行为有疑问，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
示例说明：
假设某员工月工资为4500元，且没有其他应税所得。如果公司对其扣除了个人所得税，那么这种行为通常是不合法的。员工可以要求公司退还多扣的税款，并向税务部门投诉。相反，如果该员工除了工资外，还有稿酬收入，且稿酬收入超过了相应的起征点或免税额，那么公司对其稿酬部分扣税则是合法的，但工资部分仍不应扣税。