核心结论：公司让员工签补助社保协议，这种协议在法律上通常是不被认可的，员工可以通过多种方式维护自己的合法权益。以下为你详细分析：
协议的法律效力问题
- 根据我国《社会保险法》等相关法律法规，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。这是法律的强制性规定，任何违反这一规定的协议或行为都是无效的。因此，公司让员工签补助社保协议，试图以补助形式替代社保缴纳，这种协议在法律上是站不住脚的，不会被法律所认可。
员工如何维护自己的合法权益
- 与公司协商：首先，员工可以尝试与公司进行协商，明确表达自己对社保缴纳的重视和需求，要求公司按照法律规定为自己缴纳社保。在协商过程中，员工可以引用相关法律法规，增强自己的说服力。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的社保缴纳情况进行监督检查，并对违法行为进行处罚。员工在投诉时，应提供相关证据，如与公司签订的劳动合同、工资条、补助社保协议等，以便劳动监察部门进行调查处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明公司存在违法行为，并要求公司承担相应的法律责任，如补缴社保、支付经济补偿等。
注意事项
- 保留证据：在整个过程中，员工应注意保留相关证据，如与公司沟通的记录、投诉材料、仲裁或诉讼文书等。这些证据将在后续的维权过程中发挥重要作用。
- 了解法律程序：员工在维权前，应了解相关的法律程序和规定，以便更好地维护自己的合法权益。如果对法律程序不熟悉，可以寻求专业法律人士的帮助。
作为拥有多领域法律实务经验的律师，我建议你如果遇到类似情况，首先要保持冷静，不要轻易签署可能损害自己权益的协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。