针对您入职后工作了一段时间，HR现在要求提供毕业证照片但您拿不出来的情况，我建议您按照以下步骤来处理：

首先，明确拒绝提供毕业证原件。根据人力资源和社会保障部的明确回应，“扣证件”是典型的求职陷阱，任何单位和个人都没有权利扣留他人证件原件。您千万不要将证件原件交付给他人，这是保护自己合法权益的重要一步。

其次，与HR沟通了解具体需求。您可以主动与HR联系，询问他们为何需要毕业证照片，以及这个照片将用于什么具体用途。在沟通过程中，您可以强调自己理解公司可能需要验证学历信息，但同时也希望公司能够尊重并保护员工的个人隐私和证件安全。

接着，提供合法合规的替代方案。如果公司确实需要验证您的学历信息，您可以考虑提供以下替代方案：

1. 提供毕业证的复印件或影印件，并在合适位置注明具体用途，如“仅用于XX公司入职学历验证”。
2. 提供学信网的学历验证报告。学信网是中国高等教育学生信息网的简称，它提供了学历查询、验证等服务。您可以通过学信网获取自己的学历验证报告，并将其提供给公司作为学历证明。

最后，如果公司坚持要求提供毕业证照片且您无法提供，应寻求法律援助或投诉举报。如果公司无视您的合理诉求，坚持要求您提供毕业证照片，甚至以此为由威胁您的工作，那么您可以考虑向劳动监察部门投诉举报，或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。

总之，面对公司的不合理要求，您应该保持冷静、理性应对，既要保护自己的合法权益，也要尽量与公司进行友好沟通，寻求双方都能接受的解决方案。希望这些建议能对您有所帮助。