员工严重违法违纪时，用人单位不可以直接扣除当月全部工资。这一结论基于以下几点法律分析和建议：

1. 合法扣工资的情形与限制：

   • 规章制度明确规定：用人单位的规章制度中若明确规定了员工违规行为对应的扣薪情形和标准，且该规章制度经过民主程序制定并已向员工公示告知，那么在员工出现相应违规行为时，用人单位可按规定扣工资。但扣除的金额和方式必须合法合规，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
   • 劳动合同有约定：若劳动合同中明确约定了员工违规行为导致扣薪的具体条款，且不违反法律法规的强制性规定，用人单位可按约定执行。但同样，扣除的金额和方式需合法合规。
   • 给单位造成经济损失：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求劳动者赔偿，并从其工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一规定同样适用于员工严重违法违纪的情况，但扣除比例和剩余工资标准需严格遵守。

2. 非法扣工资的情形与后果：

   • 缺乏明确依据：若用人单位无明确的规章制度依据或劳动合同约定，随意以员工严重违法违纪为由扣工资，则为不合法行为。员工有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可能因此向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 扣除金额不合理：即使存在扣工资的情形，但若扣除金额过高或明显不合理，也可能被认定为违法。例如，扣除当月全部工资显然超出了合理范围，违反了法律法规的规定。
   • 无故扣除工资：用人单位无故扣除劳动者工资，或扣除理由不符合上述合法情形，均属违法行为。根据相关法律法规，用人单位需承担相应的法律责任，包括补发工资、支付赔偿金等。

3. 劳动者维权途径：

   • 协商解决：员工认为用人单位扣工资行为不合法时，首先可与用人单位进行协商解决，尝试达成和解协议。
   • 投诉与仲裁：协商不成时，员工可向当地劳动监察部门投诉，或向劳动仲裁委员会申请仲裁。投诉或申请仲裁时，员工需提供相关证据以证明用人单位的扣工资行为不合法，如工资条、规章制度、劳动合同等。
   • 诉讼：对劳动仲裁委员会的裁决结果不服时，员工可向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

建议：对于用人单位而言，在处理员工严重违法违纪行为时，应确保扣除工资的行为合法合规，避免因此引发劳动纠纷。对于员工而言，应了解自己的权益和维权途径，如遇非法扣工资情况，应及时采取合法途径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。