结论：员工违法违纪时，扣除旷工工资一般不可以直接从全额工资里面扣除，而是应当遵循一定的规定和程序。具体能否扣除以及扣除的金额，需根据公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规来确定。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同：
- 公司通常会在规章制度或劳动合同中明确规定员工旷工的处理方式，包括是否扣除工资以及扣除的比例等。
- 如果规章制度或劳动合同中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可以按照规定扣除旷工工资。
相关法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工因旷工给公司造成损失的，公司有权要求员工赔偿，但赔偿金额应合理，且不得超过员工当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。
- 扣除旷工工资时，公司应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，以保障员工的基本生活需求。
扣除工资的合理性：
- 即使员工存在旷工行为，公司扣除工资也应遵循合理性原则。不能因为员工的一次旷工就扣除其全部工资，这显然是不合理的。
- 扣除工资的金额应与旷工给公司造成的实际损失相匹配，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
特殊场景：
- 如果员工旷工行为极其严重，如连续旷工多日、旷工导致公司重大损失等，公司可能会考虑解除劳动合同。在这种情况下，扣除工资的问题可能不再是主要关注点，而是解除劳动合同的合法性和赔偿问题。
后续行动建议：
- 审查公司规章制度：公司应审查其规章制度中关于旷工和工资扣除的规定，确保这些规定合法、合理且明确。
- 与员工沟通：在扣除旷工工资前，公司应与员工进行沟通，说明扣除的原因和依据，以及扣除的金额和方式等。
- 保留证据：公司应保留员工旷工的相关证据，如考勤记录、监控录像等，以备在需要时进行证明。
法律后果：
- 如果公司违反规定扣除员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
- 在极端情况下，如果公司因扣除工资而引发劳动争议或诉讼，公司可能需要承担法律责任和相应的经济损失。
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