员工旷工5天工资全部扣掉是违法的。下面我将从法律角度为您详细解释这一结论，并提供相应的法律依据。
工资支付义务与劳动者权益：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条和《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位有义务按照劳动合同约定和国家规定，及时足额向劳动者支付劳动报酬。这意味着，即使员工旷工，用人单位也不能随意扣除全部工资，而应根据实际情况进行合理处理。
旷工处理与工资扣除：
- 员工旷工确实违反了劳动纪律，用人单位有权依据内部规章制度对员工进行相应处理，如警告、罚款或解除劳动合同等。但是，扣除工资必须遵循法律规定，不能随意全部扣除。
- 通常，用人单位会在规章制度中明确旷工一天扣除多少工资，或者按照旷工天数乘以日工资标准进行扣除。但扣除的工资总额不得超过员工当月工资的80%，且不得低于当地最低工资标准。
法律依据与维权途径：
- 如果用人单位违法扣除了员工工资，员工可以依据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，向劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。
- 在维权过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、旷工通知等，以便在需要时提供证明。
综上所述，员工旷工5天工资全部扣掉是违法的。用人单位在处理员工旷工问题时，应遵循法律规定，合理扣除工资，并保障员工的合法权益。如果您遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会为您提供更具体的法律建议和帮助。