结论前置：公司员工旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。这一结论主要基于以下几点法律分析和考量：

1. 法律法规的明确性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，用人单位必须按照约定支付劳动报酬，任何扣款行为都需有法定依据。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条进一步指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且扣除部分不得超过月工资的20%，并需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。

2. 法理角度的考量：

   • 从公平合理原则出发，旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益，破坏了劳动关系的和谐稳定。
   • 此外，根据《行政处罚法》，罚款权专属于行政机关，企业自行设定高额扣款实质构成非法罚款，可能引发劳动纠纷。

3. 规章制度的合法性：

   • 尽管某些用人单位的规章制度中可能规定了“旷工一天扣三天工资”的条款，但这并不意味着该条款必然合法有效。规章制度的制定需通过民主程序，内容不得违反法律法规，且必须向劳动者公示或告知。即使满足这些条件，司法实践中也可能因过度惩罚而被视为不合理。

4. 劳动者的应对措施：

   • 面对不合理的克扣工资行为，劳动者首先应与用人单位协商解决，要求其返还多扣的工资。
   • 若协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位限期支付克扣的工资。
   • 劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

综合建议：

• 用人单位在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。例如，可以通过民主程序制定《员工手册》，明确旷工的认定标准和处分梯度（如首次警告、二次扣发当日工资、三次解除劳动合同），而不是简单地采取“旷工一天扣三天工资”的做法。
• 劳动者在遇到类似纠纷时，应了解自己的权益，并采取适当的法律措施来维权。如果用人单位以旷工为由扣了三天工资，劳动者可以先与用人单位协商，要求其返还多扣的工资；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总之，无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。