结论：员工旷工一天扣1000元通常是违法的，以下从法律、合理性及企业管理等角度进行详细分析：
一、法律层面分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，除非存在法定情形（如代扣个人所得税、社保费用等）。罚款并不属于这些法定情形之一。
- 罚款作为行政处罚手段，只能由行政机关或法律法规授权的组织实施，用人单位无权自行设定罚款项目。
合法性判断：
- 企业通过规章制度设定罚款条款时，若未遵循民主程序（如职工代表大会讨论）或内容违反法律规定，该条款无效。
- 罚款金额需与违纪行为性质、损失程度相匹配。单日1000元的罚款标准远超普通劳动纪律处分范畴，可能构成对劳动者财产权的过度侵害，因此通常被视为违法。
二、合理性层面考量
比例原则失衡：
- 以普通劳动者日薪200-300元为例，1000元罚款相当于其3-5倍日收入，惩戒力度明显失当。
- 此类高额罚款易引发员工抵触情绪，反而不利于维护劳动关系稳定。
实际执行风险：
- 若员工拒绝接受处罚并申请劳动仲裁，企业可能因制度违法面临败诉风险，需退还罚款并承担补偿责任。
- 长期采用高压管理可能导致人才流失率上升，增加隐性用人成本。
三、企业管理建议
替代性管理措施：
- 建立阶梯式考勤奖惩机制，例如首次旷工警告、二次扣除绩效奖金、三次以上解除劳动合同。
- 通过优化排班制度、设置调休缓冲期等方式减少非必要旷工。
合规化制度建设：
- 制定规章制度时应经民主公示程序，确保内容合法且符合行业惯例。
- 将“罚款”表述调整为“绩效扣减”，明确扣款与考勤挂钩的计算方式，例如根据旷工时长按比例扣减当日工资或绩效奖金，避免法律风险。
若您作为员工遇到此类情况，或作为企业主希望完善考勤管理制度，可直接向我咨询具体操作方案。 我将结合您的实际情况，提供更具针对性的法律建议。