单位违法扣除旷工工资是否合法，需分情况讨论：
若单位扣除旷工工资的行为符合法律规定和合理限度，则是合法的
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但这里的“无故”并不涵盖因劳动者过错导致的扣款情形。若企业规章制度明确旷工的处罚措施（如扣减当日工资），且该制度经民主程序制定并公示，则扣款行为具有合法性。同时，《工资支付暂行规定》第十六条也明确规定，因劳动者本人原因给单位造成经济损失时，用人单位可扣除工资赔偿损失，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一条款为旷工扣款提供了直接依据。
- 合法扣除的条件：
- 制度合规性：扣款规则必须写入依法制定的规章制度，且该制度需通过职工代表大会讨论并与工会协商确定，同时必须向员工公示或告知具体条款。
- 扣款比例合理性：通常按旷工天数×日工资计算扣款金额，单次扣款不得超过月工资的20%，扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。
- 证据链完整性：单位需保留考勤记录、旷工通知送达凭证等书面材料，以证明旷工事实和扣款依据。
若单位扣除旷工工资的行为不符合法律规定或合理限度，则是违法的
- 违法风险点：未公示的规章制度、超比例扣款、无证据支持的扣款均可能被认定为违法行为。例如，若单位未证明员工知晓考勤制度，或扣款比例超过了月工资的20%，或扣款后实发工资低于当地最低工资标准，其扣款主张可能被法院驳回。
- 法律后果：根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可能面临加付赔偿金的处罚。
实操建议：
- 对于单位：
- 建立完善的考勤管理制度，确保扣款规则经过民主程序并公示。
- 采用书面方式固定旷工事实，如考勤记录、旷工通知等。
- 扣款前履行告知义务，确保员工知晓扣款原因和金额。
- 对于员工：
- 主动了解企业规章制度，特别是关于旷工和扣款的规定。
- 对旷工认定存在异议时及时申诉，并保留相关证据。
- 如认为单位扣款行为违法，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
示例说明：假设某员工月工资为5000元，因旷工一天被单位扣款1000元。若单位规章制度明确规定旷工一天扣款为日工资的200%（即1000元/天，日工资为5000元/21.75天≈229.89元，200%即为459.78元，但此处为简化说明假设为1000元），且该制度已公示并告知员工，同时扣款后实发工资不低于当地最低工资标准，则该扣款行为在制度层面可能被视为合法（但实际扣款比例远超合理限度，仍可能被认定为违法）。然而，若单位未公示制度或扣款比例超过了月工资的20%（即1000元），则该扣款行为违法，员工有权要求单位返还超额扣款。
总结：单位扣除旷工工资是否合法，取决于其是否符合法律规定和合理限度。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。