在协商解除劳动合同时，赔偿金的计算基数通常不包括加班费，但这一原则存在特殊情况。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
赔偿金计算基数的一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条，经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，这包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。然而，加班费通常不被视为经济补偿金计算基数的一部分，因为加班费是劳动者延长工作时间所获得的额外报酬，具有补偿性质，与经济补偿金的性质不同。
加班费的性质：
- 加班费是劳动者在正常工作时间外提供劳动所获得的报酬，它反映了劳动者额外劳动的价值。由于其不确定性和非常规性，加班费在计算经济补偿金时通常不被纳入考虑范围。
二、特殊情况
劳动合同或集体合同的约定：
- 如果劳动合同或集体合同中有明确约定将加班费纳入经济补偿金的计算基数，那么这一约定应当得到尊重和执行。这意味着，在这些特定情形下，加班费可能会被计入经济补偿的计算基数。
当地法律法规的特别规定：
- 还需注意当地法律法规是否有特别规定。例如，某些地区可能出于保护劳动者权益的考虑，将加班费纳入经济补偿金的计算范围。在这种情况下，应按照当地规定执行。
三、实际操作建议
查阅劳动合同和集体合同：
- 在处理协商解除劳动合同涉及赔偿金计算的问题时，首先应查阅劳动合同和集体合同，看是否有关于加班费纳入计算基数的约定。
了解当地法律法规：
- 其次，应了解并遵循当地法律法规的相关规定。不同地区对于经济补偿金的计算方法和标准可能存在差异，因此需要具体问题具体分析。
协商与调解：
- 如果双方对赔偿金计算存在争议，建议通过协商、调解等方式解决。在协商过程中，可以充分表达各自的观点和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 如果协商和调解无法达成一致意见，双方可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径解决争议。在此过程中，应提供充分的证据来支持自己的主张，如考勤记录、加班通知、工资单等。
四、举例说明
假设某劳动者与用人单位协商解除劳动合同，其劳动合同解除前12个月的平均工资为5000元，其中包含加班费1000元。在一般情况下，如果双方没有特别约定且当地法律法规没有特别规定，那么该劳动者的经济补偿金计算基数应为4000元（即5000元减去加班费1000元）。然而，如果劳动合同或集体合同中有明确约定将加班费纳入计算基数，或者当地法律法规有特别规定，那么经济补偿金的计算基数可能会相应调整。
综上所述，协商解除劳动合同时的赔偿金计算一般不包括加班费，但具体情况需根据劳动合同约定、当地法律法规以及实际情况来判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。