结论：公司反悔不算已批准的年休假，并扣当月礼拜天加班进行抵扣的行为，一般是不合法的。
分析：
年休假的批准与取消：
- 根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，职工依法享受的年休假，单位应当保证职工享受。年休假在1个年度内可以集中安排，也可以分段安排，一般不跨年度安排。单位因生产、工作特点确有必要跨年度安排职工年休假的，可以跨1个年度安排。
- 一旦年休假被领导批准，即视为单位已经安排了职工的年休假，职工有权享受。单位无正当理由不得随意取消或变更。
加班时间的抵扣：
- 加班时间是指职工在正常工作时间之外，为单位工作的时间。加班时间通常应当按照法律规定支付加班费，或者安排补休。
- 将加班时间用于抵扣已批准的年休假，没有明确的法律依据。年休假是职工的法定权益，与加班时间无直接关联，不能相互抵扣。
公司的行为是否合法：
- 公司反悔不算已批准的年休假，并扣当月礼拜天加班进行抵扣，这种行为侵犯了职工的合法权益。职工有权要求单位按照法律规定支付加班费，或者安排补休，同时也有权享受已批准的年休假。
建议：
- 与单位协商：首先，你可以尝试与单位进行协商，明确表达你的诉求和依据，要求单位按照法律规定执行。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁：如果问题仍然无法解决，你可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果单位坚持不合法行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 你作为职工，如果通过法律途径维权成功，单位可能需要支付你加班费、补休或者赔偿等。
总之，公司反悔不算已批准的年休假，并扣当月礼拜天加班进行抵扣的行为是不合法的。你有权维护自己的合法权益，如果遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。