结论前置：公司扣年假期间的加班费是否合法，需根据具体情况判断。若年假期间并未实际加班，则公司扣除加班费合理；若年假期间被安排加班且未支付加班费，则公司行为违法。

详细分析：

1. 年假期间未加班的情况：

   • 法律背景：年假是员工依法享受的休息时间，期间员工并未为公司提供劳动，因此不存在加班的事实。根据《劳动法》及相关规定，加班费是针对员工在超出正常工作时间外为公司提供劳动所支付的额外报酬。
   • 公司行为分析：若公司在员工年假期间并未安排加班，却扣除其加班费，这实际上是对员工权益的侵害，因为员工在年假期间并未产生加班费用。但这种情况更可能的是公司误扣或管理疏忽，而非故意违法。不过，从法律角度讲，公司无权扣除员工未产生的加班费。
   • 员工权益：员工有权要求公司返还被错误扣除的加班费，并可以与公司沟通协商，必要时可向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

2. 年假期间被安排加班的情况：

   • 法律背景：根据《劳动法》第四十四条，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。年假虽非法定休假日，但属于员工依法享受的休息时间，若被安排加班且未安排补休，则应支付相应的加班费。
   • 公司行为分析：若公司在员工年假期间安排加班，却未支付加班费，而是直接扣除，这明显违反了《劳动法》的相关规定。公司应当支付员工在年假期间加班的加班费，而非扣除。
   • 员工权益：员工有权要求公司支付年假期间的加班费，并可以与公司沟通协商。若公司拒绝支付，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议与行动：

• 核实情况：首先，员工应核实自己年假期间是否确实被安排了加班，以及公司是否确实扣除了加班费。
• 沟通协商：若确认存在上述情况，员工应与公司进行沟通协商，要求公司支付应得的加班费或返还被错误扣除的加班费。
• 法律途径：若沟通协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若公司违法扣除加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 员工若通过法律途径维权成功，公司不仅需支付应得的加班费，还可能需承担员工因维权产生的合理费用，如律师费、仲裁费等。

总之，公司扣年假期间的加班费是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益，并在必要时采取行动维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。