夜班加班请假扣除年假是否合法，需根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，劳动法对于加班和年假有明确的规定。加班是劳动者在法定工作时间之外，为完成工作任务而进行的额外劳动。而年假则是劳动者依法享受的带薪休假权利。

1. 如果公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了夜班加班请假可以扣除年假，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除是合法的。因为公司和劳动者在签订劳动合同时，有权对双方的权利和义务进行约定。

2. 如果公司规章制度或劳动合同中没有明确规定：

   • 在没有明确规定的情况下，公司单方面决定扣除年假来抵偿夜班加班请假，可能会涉及侵犯劳动者合法权益的问题。因为年假是劳动者的法定权利，不应被随意剥夺或替代。

3. 考虑加班的性质和年假的使用规定：

   • 加班通常是为了完成紧急或额外的工作任务，而年假则是劳动者的休息权利。两者在性质上是不同的，不能简单地将加班和年假进行等价替换。
   • 此外，年假的使用通常受到一定的限制和条件，比如需要提前申请、经过批准等。如果公司未经劳动者同意就擅自扣除年假，可能会违反年假的使用规定。

综上所述，夜班加班请假扣除年假是否合法，关键在于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及这种扣除是否违反了法律法规的强制性规定。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到了侵犯，可以及时向公司提出质疑或寻求法律援助。