年休假扣除夜班补助是不合法的。具体分析如下：

一. 年休假期间工资收入应不受影响

1. 根据相关法律法规，职工在休带薪年假期间，应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，除了基本工资外，包括夜班补助在内的各项津贴、奖金等也应照常发放。
2. 夜班补助作为对职工特殊工作时段（如夜间工作）的补偿，是工资组成的一部分，不应因职工休年假而被扣除。

二. 带薪年假工资计算原则

1. 带薪年假的工资计算主要依据职工的正常工资收入，这包括基本工资、津贴、奖金等所有构成工资的收入部分。
2. 对于实行计件工资、提成工资或其他绩效工资制的职工，其带薪年假的工资应基于前12个月的月平均工资（不含加班工资）来计算。

三. 未休年假的处理方式

1. 用人单位应优先安排职工休年休假。
2. 如果职工因本人原因书面提出不休年休假，用人单位可以只支付正常工作期间的工资收入，但这并不包括扣除夜班补助等津贴。
3. 对于职工应休未休的年休假天数，单位应按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，这一报酬同样应包含夜班补助等工资组成部分。

综上所述，年休假期间扣除夜班补助是不合法的。职工在休年假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，包括夜班补助。如果用人单位存在此类违法行为，职工可以向劳动行政部门投诉，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。