结论：公司安排员工在工作日休息并扣除年休假是否合法，需分情况讨论。若符合法律法规、公司规章制度及劳动合同约定，且经过民主程序制定并向员工公示，同时与员工协商一致或劳动合同中有明确规定，则合法；反之，则可能构成违法行为。
详细分析：
法律法规依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》等相关劳动法规定，单位应保证职工享受年休假，年休假期间工资照发。这意味着，年休假是员工的法定权益，公司不得随意剥夺。
- 如果公司安排员工在工作日休息，并试图以此扣除年休假，必须确保这种安排不违反法律法规的强制性规定。
公司规章制度：
- 若公司有合法有效且经过民主程序（如职工代表大会讨论）制定的规章制度，明确规定在特定情况下（如公司业务淡季、员工个人原因等）可安排员工休假并扣减年休假，且已向员工公示，则该做法在规章制度范围内是合法的。
- 但规章制度的内容必须与当地法律法规相符，否则无效。例如，规章制度不能规定“无论何种原因，员工工作日休息均扣除年休假”，这样的规定可能因违反法律法规而无效。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了员工休假、年休假的使用和扣除方式，且这些约定不违反法律法规，则公司可按约定操作。
- 如果双方协商一致变更劳动合同内容（如调整休假安排及扣减年休假），并取得员工书面同意，也是合法的。但公司不得单方面强制变更劳动合同内容。
不合法情形：
- 如果公司无合理理由单方面强制安排员工在工作日休息并扣减年休假，侵犯员工合法权益，则属不合法行为。
- 如果公司的规章制度未经民主程序制定或未向员工公示，依据其扣减年休假则不合法。因为员工不知晓规定，无法遵守，公司不能以此为依据扣减假期。
- 如果公司未按劳动合同约定执行休假、年休假的扣除，也构成违约行为。
员工权益保护建议：
- 员工应熟悉相关法律法规和公司规章制度，了解自己的休假权益。
- 如认为公司扣减年休假的行为不合法，可先与公司协商解决。
- 协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司因业务淡季安排员工在工作日休息，并试图以此扣除年休假。如果公司的规章制度中明确规定了这种情况下的休假安排及年休假扣减方式，且已向员工公示，同时劳动合同中也有相关约定，那么这种做法就是合法的。但如果公司没有这样的规章制度或劳动合同约定，或者规章制度未经民主程序制定或未向员工公示，那么公司单方面扣减年休假就是违法的。
总之，公司安排员工在工作日休息并扣除年休假是否合法，需根据具体情况综合判断。员工应了解自己的权益，并在遇到问题时采取适当措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。