结论前置：根据劳动法及相关规定，加班制员工请年休假被扣工资是不合法的。职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入，用人单位不得无故扣除。
法律依据与分析
《中华人民共和国劳动法》相关规定：
- 第四十五条明确规定，国家实行带薪年休假制度。劳动者连续工作一年以上的，享受带薪年休假。这表明年休假是劳动者的合法权益，且是带薪的，用人单位不得侵犯。
- 第五十一条规定，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。虽然该条款未直接提及年休假，但年休假作为劳动者的合法权益，其性质与法定节假日类似，均属于劳动者应享有的休息休假权利，因此年休假期间也应依法支付工资。
《职工带薪年休假条例》相关规定：
- 第二条规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这一条款明确规定了年休假期间职工应享受与正常工作期间相同的工资收入，自然包括加班费（如果劳动者在正常工作期间因加班而享有加班费的话）。
其他相关法规：
- 《企业职工带薪年休假实施办法》等法规也进一步细化了年休假的相关规定，强调了用人单位应保障职工享受年休假的权利，并明确了相应的法律责任。例如，该办法第十条规定，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工休假天数少于应休年休假天数的，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这一条款从侧面说明了年休假是带薪的，且用人单位不得因职工休年休假而扣除其工资或加班费。
实际操作建议
- 与用人单位沟通：如果加班制员工在请年休假时被扣工资，首先应与用人单位进行沟通，明确表达自己的权益和诉求，要求用人单位按照法律规定支付年休假期间的工资。
- 收集证据：在与用人单位沟通无果的情况下，员工应收集相关证据，如工资条、考勤记录、年休假申请记录等，以证明自己的权益受到了侵犯。
- 向劳动监察部门投诉：员工可以向当地劳动监察部门投诉用人单位的违法行为，劳动监察部门有权对用人单位进行查处，并责令其限期支付被扣的工资。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果用人单位仍然拒不支付，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律程序维护自己的合法权益。
特殊情况说明
- 如果员工在年休假期间自愿放弃休假并提供了正常劳动，用人单位应当按照正常工资标准支付其工资，不能因未休年休假而减少工资。
- 若用人单位安排了员工休年休假，但员工因工作需要未能休假，用人单位需按照《职工带薪年休假条例》的规定，支付其未休年休假的工资报酬。
总结：加班制员工请年休假被扣工资是不合法的行为，用人单位应依法行事，确保员工的合法权益得到充分保障。如果员工遇到此类情况，应积极采取措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。