孕妇因身体不适请假两个月，工资发放需根据请假性质及公司规章制度综合判断，具体如下：

1. 若请假属于病假范畴
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，孕妇因身体不适需停工治疗的，可享受医疗期。医疗期内，公司应按不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资（具体比例可能因地区政策略有差异）。例如，若当地最低工资为2000元/月，则病假工资不得低于1600元/月。
   法律依据：《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条明确，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。

2. 若请假属于事假范畴
   若孕妇因非医疗原因（如个人事务）请假，公司有权不支付事假期间工资。但需注意，公司规章制度中关于事假扣薪的规定需合法合理（如不得按双倍工资扣除），且需经民主程序制定并公示，否则可能因违法而无效。
   风险提示：若公司规章制度未明确事假扣薪规则，或扣薪比例过高，孕妇可主张公司补发工资，甚至以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 若请假属于产假或产前假范畴

   • 产假：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工生育享受98天产假（含产前15天），产假期间公司需按原工资标准支付工资（即“生育津贴”由社保机构发放，不足部分由公司补足）。但请假两个月若未达到产假起始时间（如未满孕28周），则不适用产假工资规定。
     
   • 产前假：部分地区（如上海）规定，女职工妊娠7个月以上可申请产前假，假期工资按原工资的80%发放。若当地有此类规定且孕妇符合条件，公司需按此标准支付。
     地域差异：需结合当地人口与计划生育条例、女职工劳动保护实施办法等文件综合判断。

建议行动步骤：

1. 孕妇应先明确请假性质（病假/事假/产假/产前假），并保留医院诊断证明、请假单等证据；
   
2. 查阅公司规章制度中关于请假及工资支付的规定，确认其合法性；
   
3. 若与公司协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资差额及合法权益。
   

如有进一步疑问（如具体地区政策、证据收集等），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。