核心结论：在综合工时制下，加班后只给调休不给加班费是否合法，取决于加班的具体类型。如果是休息日加班，用人单位可以选择安排调休或支付加班费；但如果是工作日延长工作时间或法定节假日加班，用人单位必须支付相应的加班费，调休不能替代。
详细分析：
休息日加班： 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。这意味着，在休息日加班的情况下，用人单位有两种选择：一是及时安排劳动者进行调休，以弥补其休息时间；二是如果无法安排调休，则应支付不低于工资200%的加班费。因此，如果用人单位在休息日安排了加班并及时给予了调休，那么可以不支付加班费，这种做法是合法的。
工作日加班： 《劳动法》明确规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。在工作日加班的情况下，无论是否安排调休，用人单位都必须支付加班费，调休不能替代加班费的支付。
法定节假日加班： 法律同样规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。法定休假日是劳动者的特殊休息时间，其休息权利受到法律的特殊保护。因此，在法定休假日加班时，用人单位必须支付加班费，不能用调休来替代。
维权建议：
收集证据：首先，你需要收集好能够证明你加班事实的证据，如考勤记录、排班表、加班通知等。这些证据将是你后续维权的重要依据。
与用人单位协商：在掌握了足够的证据后，你可以尝试与用人单位进行协商，要求其依法支付加班费。在协商过程中，你可以明确引用相关法律法规，说明自己的权益和诉求。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时，你需要提交投诉登记表、身份证明、劳动合同、考勤记录等相关材料。劳动监察部门将调查核实，如查证属实，将责令用人单位限期支付加班费，逾期可能加付赔偿金。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果未能满足你的诉求，你还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，你需要提交仲裁申请书或起诉状、身份证明、劳动关系证明、加班证据等材料。仲裁委员会或法院将根据事实和法律作出裁决或判决。
注意事项：
在整个维权过程中，保留好所有与加班和加班费有关的证据至关重要。这些证据将是你证明自己权益和诉求的关键。
了解并熟悉相关法律法规和政策规定也是成功的关键。只有明确了自己的权益和诉求的法律依据，才能更好地维护自己的合法权益。
作为刘扬律师，我建议你如果遇到综合工时制下加班只给调休不给加班费的情况，首先尝试与用人单位协商解决；如果协商无果，再依次考虑向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。