公司只保留底薪是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同约定
若劳动合同中明确约定了工资构成，包括底薪、绩效、奖金等：
- 公司只保留底薪，可能构成违约。因为劳动合同是双方自愿达成的协议，公司应按照约定支付工资。若公司单方面改变工资构成，可能违反《劳动合同法》的相关规定，员工有权要求公司按照原合同支付工资，或通过法律途径维护自己的权益。
若劳动合同中未明确约定工资构成，或仅约定了底薪：
- 公司只保留底薪可能不构成违约。但这种情况下，员工仍需关注公司是否违反了最低工资标准等法律法规。根据《劳动法》和《最低工资规定》，公司支付的工资不得低于当地最低工资标准。若底薪低于最低工资标准，则公司行为违法。
二、公司经营状况与工资支付
若公司因经营困难暂时无法支付全额工资：
- 公司应与员工协商，并尽可能按照约定支付工资。若确实无法支付，公司应向员工说明情况，并争取员工的理解和支持。但公司不能单方面决定只保留底薪，除非得到员工的同意或符合法律法规的规定。
若公司恶意拖欠或克扣工资：
- 公司行为违法。员工有权向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、诉讼等法律途径维护自己的权益。根据《劳动合同法》的相关规定，公司拖欠或克扣工资的，应支付拖欠的工资，并可能面临支付赔偿金等法律责任。
三、法律法规与最低工资标准
- 无论劳动合同如何约定，公司支付的工资均不得低于当地最低工资标准。若底薪低于最低工资标准，则公司行为违法，员工有权要求公司补足差额，并可能向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
四、建议与行动
对于员工：
- 首先查看劳动合同中关于工资构成的约定；
- 若公司只保留底薪且违反劳动合同或法律法规，可与公司协商要求补足工资；
- 若协商无果，可向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
对于公司：
- 应遵守劳动合同和法律法规的规定，按照约定支付工资；
- 若因经营困难无法支付全额工资，应与员工协商并争取员工的理解和支持；
- 避免恶意拖欠或克扣工资，以免面临法律责任。
总结来说，公司只保留底薪是否合法取决于劳动合同的约定、公司经营状况以及是否违反法律法规和最低工资标准。若遇到此类问题，建议员工先与公司协商，若协商无果则寻求法律援助以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。