结论：在约定执行综合工时制且工资包含加班费的情况下，能否主张休息日加班工资，需根据具体情况判断，若全年实际工作时间未超过法定标准工时数，则一般不能主张；若超过，则可以主张超出部分的加班工资。以下为详细分析：

一、综合工时制的基本规定

综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许用人单位在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。

二、工资包含加班费的情况

若劳动合同中明确约定工资包含加班费，这通常意味着用人单位已经按照一定标准支付了加班费。然而，这种约定并不意味着劳动者在任何情况下都不能再主张加班工资。关键在于，这种约定是否涵盖了所有可能的加班情况，以及是否符合法律法规的规定。

三、能否主张休息日加班工资的分析

1. 全年实际工作时间未超过法定标准工时数：

   • 在这种情况下，即使劳动者在某些休息日工作了，但由于全年总工作时间并未超过法定标准，因此这些休息日的工作并不构成加班。
   • 既然不构成加班，那么劳动者就不能再主张休息日加班工资。

2. 全年实际工作时间超过法定标准工时数：

   • 若全年实际工作时间超过了法定标准工时数，那么超出部分应视为加班。
   • 对于这部分加班，劳动者有权主张加班工资。即使劳动合同中约定了工资包含加班费，但如果这种约定并未明确涵盖超出法定标准工时数的加班情况，或者约定的加班费标准低于法定标准，劳动者仍然可以主张差额部分的加班工资。

四、法律依据与建议

• 法律依据：根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。对于综合工时制下的加班费计算，应依据实际工作时间与法定标准工作时间的差额来确定。
• 建议：
  1. 审查劳动合同：劳动者应仔细审查劳动合同中的工时制度和工资构成条款，了解自己的权益和义务。
  2. 保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如考勤记录、工作安排通知等，以便在主张加班工资时提供证明。
  3. 协商与投诉：若与用人单位就加班工资问题产生争议，劳动者可以先与用人单位协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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