结论：在合同约定为综合计算工时制，但单位拿出不定时工时审批文件的情况下，劳动者仍有可能主张法定节假日加班费，但具体能否主张成功需结合实际情况判断。
分析如下：
工时制度的基本概念与区别：
- 综合计算工时制：是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按照规定支付报酬。
- 不定时工时制：是针对因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工所采用的一种工时制度。在不定时工时制下，劳动者的工作时间不受固定工时的限制，因此一般不存在加班费的问题，但法定节假日工作的，仍应支付加班费。
审批文件与合同约定的冲突：
- 合同中约定的是综合计算工时制，但单位却拿出了不定时工时的审批文件。这种情况下，首先需要确认的是，该审批文件是否真实有效，且是否适用于该劳动者。如果审批文件真实有效，且明确涵盖了该劳动者，那么从法律上讲，该劳动者应被视为实行不定时工时制。
- 然而，如果审批文件并不真实、有效，或者并未明确涵盖该劳动者，那么单位就不能单方面改变工时制度，劳动者仍有权按照合同约定的综合计算工时制来主张自己的权益。
法定节假日加班费的主张：
- 即使劳动者被认定为实行不定时工时制，根据《劳动法》的相关规定，劳动者在法定节假日工作的，单位仍应支付加班费。这是因为法定节假日是法定的休息日，劳动者在此期间工作，应获得额外的报酬。
- 如果劳动者被认定为实行综合计算工时制，且在综合计算周期内，法定节假日的工作时间被计入了总工作时间，并超过了总法定标准工作时间，那么劳动者同样有权主张加班费。但这种情况下，加班费的计算可能会相对复杂，需要综合考虑整个综合计算周期内的工作时间。
实际操作建议：
- 劳动者应首先收集并保存好与工时制度相关的所有证据，包括合同、审批文件、工作记录等。
- 然后，劳动者可以与单位进行协商，明确自己的工时制度以及法定节假日的加班费问题。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果单位能够证明其确实已经按照不定时工时制对劳动者进行了管理，且劳动者也实际接受了这种管理方式，那么劳动者主张法定节假日加班费可能会面临一定的困难。但即便如此，劳动者仍有权要求单位提供充分的证据来证明这一点。
总结与建议：
- 在合同约定与审批文件存在冲突的情况下，劳动者应首先确认自己的工时制度，并收集相关证据。
- 然后，根据实际情况与单位进行协商或寻求法律途径解决争议。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。