核心结论：你可以通过明确法律依据、收集证据、与公司友好协商、必要时寻求法律途径等方式，来与公司就扣除停工留薪期工资问题进行谈判，以维护自己的合法权益。以下是具体分析：

1. 明确法律依据：

   • 首先，你需要了解《工伤保险条例》以及你所在地区的相关工伤保险实施办法。根据这些规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 同时，如果公司已经从保险公司或社保部门获得了误工费赔偿，这并不意味着公司可以扣除你的停工留薪期工资。误工费赔偿和停工留薪期工资是两个不同的概念，前者是保险公司或社保部门对你的经济补偿，后者是你因工伤无法工作期间应得的工资报酬。

2. 收集证据：

   • 在与公司谈判前，你需要收集相关证据来支持你的主张。这包括你的工伤认定书、医疗证明、停工留薪期鉴定结论、工资单以及公司获得误工费赔偿的相关证据等。
   • 这些证据将有助于你证明你的工伤情况、停工留薪期的时长以及公司应支付的工资数额，从而增强你在谈判中的说服力。

3. 与公司友好协商：

   • 在掌握了充分的法律依据和证据后，你可以与公司进行友好协商。在协商过程中，你可以明确表达你的诉求，即要求公司支付你停工留薪期的全额工资，并指出公司扣除工资的行为是不合法的。
   • 同时，你也可以听取公司的意见和解释，尝试理解公司的立场和难处，并寻求双方都能接受的解决方案。

4. 必要时寻求法律途径：

   • 如果与公司协商无果，你可以考虑寻求法律途径来维护自己的权益。这包括向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。
   • 在选择法律途径时，你需要根据自己的实际情况和法律规定来做出决策，并准备好相应的证据和材料来支持你的主张。

在谈判过程中，记得保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，坚定地维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，随时都可以向我咨询。