结论：在交通事故中对方全责，同时公司申报了工伤且有停工留薪期工资的情况下，对方拒赔误工费是否合理，需分情况讨论。一般情况下，对方拒赔误工费并不合理，因为工伤赔偿中的停工留薪期工资与交通事故中的误工费属于不同法律关系下的赔偿项目，可以兼得。但具体还需结合实际情况判断。

详细分析：

1. 法律关系分析：

   • 工伤保险关系：根据《工伤保险条例》的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这是工伤保险制度对职工因工作受伤后的一种经济保障。
   • 交通事故侵权关系：在交通事故中，如果对方全责，那么对方应当承担因交通事故给受害人造成的全部损失，包括误工费。误工费是指受害人因交通事故导致无法正常工作而减少的收入，这是对方作为侵权人应当承担的赔偿责任。

2. 赔偿项目兼得性：

   • 工伤赔偿中的停工留薪期工资与交通事故中的误工费，虽然都是对受害人因受伤而减少的收入的一种补偿，但它们分别基于不同的法律关系产生。工伤保险关系是基于职工与用人单位之间的劳动关系，而交通事故侵权关系是基于侵权行为与损害结果之间的因果关系。
   • 因此，在理论上，受害人可以同时获得这两种赔偿，即“兼得”。这是因为它们分别属于不同的法律体系，且没有法律明确规定这两种赔偿不能同时获得。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 证据收集：为了获得交通事故中的误工费赔偿，受害人需要提供充分的证据证明其因交通事故导致无法正常工作以及因此减少的收入。这通常包括医院的诊断证明、休假证明、工资单等。
   • 避免重复计算：虽然理论上可以兼得，但在实际操作中，需要注意避免重复计算。例如，如果工伤保险已经支付了停工留薪期的全部工资，那么在计算交通事故误工费时，应当扣除这部分已经获得的赔偿。不过，在大多数情况下，工伤保险支付的停工留薪期工资可能并不完全等同于受害人因交通事故而减少的全部收入，因此仍然存在兼得的空间。
   • 协商与诉讼：如果对方拒赔误工费，受害人可以首先尝试与对方进行协商，寻求和解。如果协商无果，受害人可以向人民法院提起诉讼，要求对方承担赔偿责任。

4. 特殊情况讨论：

   • 如果受害人所在单位已经按照工伤保险的规定支付了停工留薪期工资，且这部分工资已经足够覆盖受害人因交通事故而减少的全部收入，那么在这种情况下，对方拒赔误工费可能具有一定的合理性（但从法律角度讲，仍不免除其赔偿误工费的义务，只是实际执行中可能因无损失而不予支持）。然而，这种情况比较罕见，因为工伤保险支付的停工留薪期工资通常只是受害人原工资的一部分，且可能不包括奖金、津贴等其他福利待遇。

建议：

• 如果您遇到了这种情况，建议首先收集好相关证据，包括医院的诊断证明、休假证明、工资单等，以证明您因交通事故导致无法正常工作以及因此减少的收入。
• 然后，您可以尝试与对方进行协商，寻求和解。如果协商无果，您可以向人民法院提起诉讼，要求对方承担赔偿责任。
• 在整个过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。