结论前置：公司业绩完不成时，公司对员工进行惩罚（如罚款）的合法性需根据具体情况判断。一般情况下，未经法定程序或未在劳动合同中明确约定的罚款行为是不合法的；但在特定条件下，如劳动合同中有合理且明确的约定，扣减绩效奖金则可能被视为合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、不合法的情况
法律依据缺失：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无直接对员工进行罚款的法定权利。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位需按合同约定和国家规定及时足额支付。罚款作为对财产权的剥夺，需由具备行政处罚权的行政机关执行，公司并不具备此权力。
罚款合理性问题：
- 即便公司有内部规章制度，若罚款标准不明确、不合理，或影响了员工的最低工资保障，该罚款行为同样可能被视为不合法。例如，公司随意设定罚款金额，或罚款后导致员工工资低于当地最低工资标准，这些都是不合法的。
案例支持：
- 在劳动争议案件中，若员工因业绩未达标被罚款并申请劳动仲裁，仲裁庭或法院往往认定此类罚款缺乏法律依据，要求公司返还扣除金额。
二、合法的特殊情况
劳动合同约定：
- 若公司与员工在劳动合同中明确约定了业绩目标与绩效奖金的挂钩机制，且该约定不违反法律法规的强制性规定，双方真实意思表示一致，则公司可根据约定扣减绩效奖金。绩效奖金作为额外奖励，其发放与扣减均基于员工的工作表现和业绩情况，不构成基本工资的一部分。
法律原理支撑：
- 在劳动合同有明确约定的前提下，公司按照约定扣减绩效奖金是对员工工作成果的一种考核和调整方式，符合契约自由原则。但需注意，扣减的绩效奖金比例应合理，且不得影响员工的基本生活需求。
案例验证：
- 例如，甲与公司签订的劳动合同中明确规定，若某季度业绩未达到标准，将扣减该季度一定比例的绩效奖金。在实际操作中，若甲确实未完成业绩目标，公司按约扣减其绩效奖金，此行为在法律上通常得到支持。
三、员工权益保护与建议
- 了解自身权益：员工应了解自己的工资构成及公司的奖惩制度，确保自己的合法权益不受侵害。
- 与公司协商：若认为公司的罚款行为不合理或违法，可首先与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身权益。在此过程中，如有需要，可直接向我咨询相关法律问题。
- 建议公司合规管理：对于公司而言，应确保罚款行为的合法性与合理性，避免采用单一且可能引发法律风险的惩罚方式。相反，公司应探索并实施更加多元化、人性化的激励机制，以激发员工的内在动力，促进企业的长期发展。
综上所述，公司业绩完不成时，公司对员工进行惩罚的合法性需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益并采取适当措施保护自身利益，公司也应确保管理行为的合法性与合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。