房产证登记在母亲名下，但双方签订协议约定房产实际归属的，协议是否有效需分情况讨论：

1. 协议内容合法且不违反公序良俗的，一般有效
   若协议系双方真实意思表示（如父母与子女间约定房产实际归子女所有，但登记在母亲名下），且协议内容不违反法律强制性规定（如不存在恶意逃避债务、损害第三人利益等情形），则协议具有法律效力。此时，协议仅约束协议双方，不直接导致物权变动（即房产证仍登记在母亲名下，但子女可依据协议主张实际权益）。

2. 协议可能无效的情形

   • 恶意串通损害第三人利益：若协议目的是逃避债务或规避法律（如母亲负债后将房产“协议”归子女所有以逃避执行），则协议可能被认定无效。
     
   • 违反法律强制性规定：若协议内容涉及非法目的（如通过虚假协议转移房产以偷逃税费），则协议无效。
     
   • 无民事行为能力人签订协议：若母亲或另一方在签订协议时无民事行为能力（如患严重精神疾病），则协议无效。

3. 协议有效但物权未变动的风险
   即使协议有效，房产证登记在母亲名下仍可能产生以下风险：

   • 母亲擅自处分房产：母亲作为登记权利人，可能将房产出售、抵押或赠与第三人，导致子女权益受损。
     
   • 第三人善意取得：若母亲将房产出售给不知情的第三人，且第三人支付合理对价并完成过户，则第三人可能善意取得房产，子女无法追回。
     
   • 继承问题：若母亲去世，房产将作为遗产由法定继承人继承（除非遗嘱明确排除其他继承人），子女可能需通过继承程序主张权益。

建议：

• 若希望协议具有更强的公示效力，可办理房产过户或公证（如赠与公证、遗嘱公证）。
  
• 若暂不便过户，可签订书面协议并明确约定违约责任，同时保留付款凭证、装修记录等证据，以证明实际权益归属。
  
• 若涉及大额财产或复杂家庭关系，建议提前咨询律师起草协议，避免法律风险。
  

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