结论：工程师被辞退两年后追讨加班费，需根据具体情况判断是否仍在法律追诉期内，并依据相关法律法规和证据来计算加班费数额。

分析：

1. 法律追诉期：

   • 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。然而，对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受该一年仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
   • 在您的情况下，如果工程师被辞退后两年才提出追讨加班费，且没有证据表明在辞退后的一年内已经提出过相关诉求，那么从法律程序上讲，可能已经超过了仲裁时效。但具体还需看当地劳动仲裁机构或法院对时效问题的具体理解和适用，以及是否存在时效中断或中止的情形。

2. 加班费计算：

   • 加班费的计算通常依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，即：
     • 工作日加班：不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日加班且不能安排补休：不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日加班：不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 工程师需要提供加班的证据，如加班记录、工作邮件、考勤记录等，以证明其确实存在加班事实及加班时长。
   • 加班费的具体数额还需根据工程师的月工资标准、加班时长以及上述加班费计算标准来确定。

3. 实际操作建议：

   • 收集证据：工程师应尽快收集与加班相关的所有证据，包括但不限于加班记录、工作邮件、考勤记录、同事证言等。
   • 咨询专业意见：由于劳动争议案件涉及复杂的法律程序和证据规则，建议工程师咨询专业律师，以评估案件的胜诉可能性及制定合适的诉讼策略。
   • 考虑和解或调解：在提起仲裁或诉讼前，工程师也可以考虑与原用人单位进行和解或调解，以更快地解决纠纷并减少诉讼成本。

特殊情况说明：

• 如果工程师在辞退后的一年内已经向用人单位提出过追讨加班费的要求，或者存在其他时效中断或中止的情形（如用人单位承诺支付加班费但未履行等），那么可能仍然有权在两年后追讨加班费。
• 另外，如果工程师与用人单位之间的劳动合同或公司规章制度中有关于加班费支付的特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么加班费的计算也可能需要依据该约定来进行。

最终建议：

• 鉴于劳动争议案件的复杂性和时效性要求，建议工程师尽快咨询专业律师，以全面评估案件情况并制定合适的法律策略。
• 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律意见和解决方案。