结论前置：基本工资被拆分出加班费工资，且将加班费包含在基本工资内的做法，通常是违法的，这种行为侵害了劳动者的合法权益。不过，具体是否违法还需根据劳动合同的约定以及是否损害了劳动者的实际权益来判断。
一、法律规定与合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应按时足额支付劳动报酬，且正常工作时间工资与加班工资应明确区分计算。加班工资的计算基数应以劳动者正常工作时间工资为基础。
- 《劳动法》第四十四条明确规定了加班费的支付标准，即延长工作时间、休息日工作且不能补休、法定休假日工作，用人单位需按照不同标准支付高于正常工作时间工资的工资报酬。
合法性分析：
- 若劳动合同中明确约定：如果劳动合同中明确约定了工资包含基本工资和加班工资，并且用人单位按照约定支付，且这种约定没有损害劳动者的合法权益（如实际收入并未因此降低），那么这种拆分在形式上可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须明确、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 若劳动合同中未约定或约定不明：如果劳动合同中未约定工资包含加班工资，或者虽约定但用人单位单方面变更工资结构，导致劳动者总收入降低，那么这种拆分就是违法的。因为加班费是对劳动者额外劳动的补偿，它独立于基本工资之外，是额外的劳动报酬，不能随意被包含在基本工资内。
二、加班费的支付标准与计算基数
支付标准：
- 延长工作时间：支付不低于工资的150%的工资报酬。
- 休息日工作且不能补休：支付不低于工资的200%的工资报酬。
- 法定休假日工作：支付不低于工资的300%的工资报酬。
计算基数：
- 加班费计算基数应以劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定。如劳动合同、集体合同均未约定，则按劳动者本人正常劳动应得的工资确定。
- 如果用人单位将基本工资拆分出加班费工资，实际上是在降低加班费的计算基数，从而可能减少加班费的支付金额，这是违法的。
三、违法行为的后果与应对措施
法律后果：
- 用人单位可能面临劳动监察部门的监督检查和责令改正。
- 劳动者可通过劳动仲裁或诉讼途径维护自己的合法权益，要求用人单位支付拖欠的加班费及相应的经济补偿。
应对措施：
- 劳动者：应了解自己的合法权益和加班费的计算方式，与用人单位协商要求按照正确方式计算工资和加班工资；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的权益。
- 用人单位：应遵守相关法律法规和劳动合同的约定，确保工资构成的合法性和合规性；明确劳动合同中的工资条款，避免擅自变更工资结构；合理确定加班费的计算基数和支付方式，确保劳动者获得应有的报酬。
四、实例说明
假设小李的月基本工资为4000元，本月他加班了15个小时（其中平时加班10小时，休息日加班5小时）。按照法律规定，公司应按照小李的正常小时工资标准的1.5倍（平时加班）和2倍（休息日加班）支付加班费。如果公司声称这4000元已经包含了加班费，并且按照某种方式拆分出了加班费工资，但实际上小李的总收入并未因此增加，反而可能因加班费的计算基数降低而减少，那么这种做法就是违法的。小李有权要求公司按照其正常小时工资标准额外支付15个小时的加班工资。
总结与建议：基本工资被拆分出加班费工资且将加班费包含在基本工资内的做法通常是违法的。劳动者应了解自己的合法权益和加班费的计算方式，在遇到此类情况时采取适当的措施来维护自己的权益。用人单位则应确保工资制度的合法性和合规性，以避免潜在的法律风险。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。