结论：咖啡店内烘焙咖啡豆进行包装售卖是否违规，需结合具体情况判断，主要涉及是否具备相应资质、是否符合食品安全标准以及是否侵犯他人知识产权等角度。以下为详细分析：
资质问题：
- 食品生产许可：根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，从事食品生产活动，应当依法取得食品生产许可。咖啡店若将烘焙后的咖啡豆进行包装售卖，可能被视为食品生产行为，因此需确认是否已取得相应的食品生产许可证。若未取得，则可能构成违规。
- 小作坊登记：对于规模较小、生产条件相对简单的食品生产者，如符合当地小作坊登记条件，可进行小作坊登记后从事生产活动。但同样需确保符合相关食品安全标准和要求。
食品安全标准：
- 原料安全：烘焙咖啡豆的原料（即咖啡豆本身）需符合食品安全标准，不得使用过期、变质或含有有害物质的原料。
- 生产过程安全：烘焙和包装过程中需保持清洁卫生，防止交叉污染，确保产品符合食品安全标准。
- 标签标识：包装上需清晰标注产品名称、生产日期、保质期、成分表、生产者信息等必要信息，以便消费者了解产品情况。
知识产权问题：
- 商标权：若咖啡店在包装上使用了他人的注册商标，且未获得商标权人的许可，则可能构成商标侵权。
- 专利权：若烘焙或包装过程中涉及了他人的专利技术，且未获得专利权人的许可，同样可能构成专利侵权。
建议：
- 核实资质：咖啡店在决定烘焙咖啡豆进行包装售卖前，应首先核实自身是否具备相应的食品生产资质，如食品生产许可证或小作坊登记证等。
- 确保食品安全：加强原料采购、生产过程和包装环节的食品安全管理，确保产品符合相关标准。
- 尊重知识产权：在包装设计上避免使用他人的注册商标或专利技术，或确保已获得相关权利人的许可。
- 咨询专业机构：如有条件，可咨询当地市场监管部门或专业律师，以获取更具体的指导和建议。
可能后果：
- 若未取得相应资质或不符合食品安全标准，可能面临市场监管部门的处罚，包括罚款、没收违法所得、责令停产停业等。
- 若侵犯他人知识产权，可能面临商标权人或专利权人的民事诉讼，要求赔偿损失并停止侵权行为。
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