关于您提出的“公司发放的工资扣掉社保后低于最低工资标准是否合法”的问题，这是一个涉及劳动者权益的重要议题，我将结合相关法律法规和实际情况，为您进行详细解答。
首先，明确最低工资标准的含义：
最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准通常包含了个人缴纳的社会保险费等在内的应得工资，是保障劳动者基本生活需要的重要基准。
接下来，我们分两种情况进行分析：
扣除个人应缴纳社保部分后低于最低标准：
- 在大多数情况下，最低工资标准是包含个人缴纳的社会保险费的。因此，如果扣除社保前用人单位支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准，但扣除社保个人缴费部分后实际到手工资低于该标准，这种做法在多数地区是不合法的。因为这意味着劳动者的实际收入无法满足基本生活需要，违反了最低工资标准的立法初衷。
- 举例来说，假设当地最低工资标准为每月2000元，员工小张的月工资为2200元，扣除个人社保应缴纳的300元后，实际到手工资为1900元。这种情况下，用人单位的做法通常是不合法的，因为小张的实际到手工资低于了最低工资标准。
特殊地区或特殊规定下的情况：
- 需要注意的是，部分地区可能有特别规定，即最低工资标准是剔除了个人缴纳的社会保险费等项目后的净收入。在这些地区，用人单位支付给劳动者的实际工资（扣除社保后）必须不低于当地公布的最低工资标准。
- 如果在这些特殊地区，扣除社保后工资低于当地最低工资标准，那么用人单位的做法显然是不合法的。
此外，关于单位应缴纳社保部分：
- 社保费用由单位和个人共同承担，单位有义务按照规定为员工缴纳社保，且这部分费用不能从员工工资中扣除。如果单位将本应由其承担的社保费用转嫁给员工，导致员工工资低于最低工资标准，这不仅违反了最低工资标准的相关规定，也违反了社会保险法的相关规定。
最后，给您的建议：
- 如果您发现自己的工资在扣除社保后低于了当地最低工资标准，首先应与用人单位进行协商，要求其按照法律规定支付工资。
- 若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。劳动保障部门将对此进行调查，并根据调查结果采取相应的措施来保护您的权益。
综上所述，扣除社保后工资是否低于最低工资标准并判断其合法性，需结合当地的具体法规和实际情况来综合考量。但无论如何，保障劳动者的基本生活需要是最低工资标准的立法初衷，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保支付给劳动者的工资不低于当地最低工资标准。