针对您提出的“收集书证程序不合法怎么处理”的问题，这确实是一个涉及法律程序和证据合法性的重要问题。以下是我根据相关法律法规及实践，为您提供的详细解答：

一、法律依据

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国监察法》及其实施条例，以非法方法收集的证据应当依法予以排除，不得作为案件处置的依据。这包括书证在内的所有证据类型。

二、非法书证的认定

对于书证而言，如果其收集程序不符合法定要求，如取证主体不合法、取证手续不完备、取证方法不当等，且可能严重影响案件公正处理，同时不能补正或者作出合理解释的，那么这样的书证就应当被认定为非法证据。

三、处理程序

1. 调查核实：

   • 一旦发现书证收集程序可能不合法，监察机关应立即启动调查核实程序。
   • 调查核实可以依职权启动，即监察机关在办理案件过程中自行发现；也可以依申请启动，即被调查人控告、举报调查人员采用非法方法收集证据，并提供相关材料或线索。

2. 补正或合理解释：

   • 对于收集程序存在瑕疵但尚未达到非法证据程度的书证，案件承办部门应按程序予以补正或者作出合理解释。
   • 补正或合理解释应能够消除证据收集程序中的瑕疵，确保其合法性和有效性。

3. 证据排除：

   • 如果书证被确认为非法证据，或者虽然存在瑕疵但无法补正或作出合理解释，且可能严重影响案件公正处理的，那么该证据应当被依法排除。
   • 排除非法证据是确保案件质量、维护司法公正的重要举措。

四、实践中的注意事项

1. 严格依法取证：

   • 监察机关在收集书证时，应严格遵守法律法规关于取证主体、取证手续、取证方法的规定，确保取证程序的合法性和有效性。

2. 强化证据意识：

   • 监察人员应强化证据意识，充分认识到证据在案件处理中的重要性，确保所收集的证据真实、合法、有效。

3. 及时调查核实：

   • 一旦发现书证收集程序可能存在问题，监察机关应及时启动调查核实程序，避免问题扩大化或影响案件处理结果。

4. 保障当事人权益：

   • 在处理非法书证时，应充分保障当事人的合法权益，确保案件处理的公正性和透明度。

五、具体案例处理建议

如果您在实际工作中遇到了收集书证程序不合法的情况，我建议您：

1. 立即停止使用该证据：在确认书证收集程序不合法后，应立即停止使用该证据，避免对案件处理产生不良影响。

2. 启动调查核实程序：按照法律法规的规定，启动调查核实程序，查明书证收集程序的具体情况。

3. 根据调查结果处理：根据调查核实的结果，决定是否对该书证进行补正、合理解释或排除。

4. 记录并报告：将整个处理过程记录在案，并向上级监察机关或相关部门报告，以便监督和指导。

综上所述，处理收集书证程序不合法的问题需要严格遵守法律法规的规定，确保取证程序的合法性和有效性。同时，监察机关应强化证据意识，及时调查核实并处理非法证据，以维护司法公正和当事人权益。