当市场监督局立案后，发现违法事实不成立时，其处理方式主要遵循行政执法领域的相关规定，并确保程序的合法性和公正性，同时充分保障当事人的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、总体原则

在处理违法事实不能成立的案件时，市场监督局必须严格遵守法律法规，确保程序的合法性和公正性。这包括进行充分、全面、客观的调查取证工作，以确保决定的准确性和合理性，并充分保障当事人的合法权益，如知情权、申辩权等。

二、具体处理方式

1. 不予行政处罚

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，行政机关在调查终结后，若违法事实不能成立，应作出不予行政处罚的决定。
   • 操作示例：假设市场监督局初步怀疑某商家销售假冒伪劣商品，但经过深入调查，发现该商品有正规授权和合格证明，那么市场监督局就应作出不予行政处罚的决定，并及时告知当事人。

2. 撤销立案

   • 适用情况：若市场监督局在行政执法初期仅初步怀疑存在违法行为而立案，但后续调查显示违法事实不成立，那么应撤销立案。
   • 操作示例：例如，市场监督局接到举报称某商家存在虚假宣传行为并立案调查，但经过详细调查，发现商家的宣传内容均有事实依据，那么市场监督局就应撤销立案。

三、处理流程中的注意事项

1. 充分调查取证：在作出任何决定之前，市场监督局必须进行充分、全面、客观的调查取证工作，以确保决定的准确性和合理性。这包括收集相关证据、询问当事人和证人、进行现场勘查等。

2. 保障当事人权益：市场监督局在处理案件时，应充分保障当事人的合法权益，如告知当事人有权进行申辩、提供证据等，并确保当事人的陈述和申辩得到充分考虑。

3. 及时告知结果：市场监督局在作出不予行政处罚或撤销立案的决定后，应及时告知当事人，并说明理由和依据。这有助于增强透明度和公信力，减少不必要的纠纷和误解。

四、总结

当市场监督局立案后发现违法事实不成立时，其应遵循行政执法领域的相关规定，作出不予行政处罚或撤销立案的决定，并确保程序的合法性和公正性。同时，市场监督局还应充分保障当事人的合法权益，及时告知处理结果，以维护法律的严谨性和公正性。